Gli inibitori chimici di CALCOCO1 funzionano interrompendo varie fasi del processo autofagico, in cui CALCOCO1 è notoriamente coinvolto. Bafilomicina A1 e Concanamicina A hanno come bersaglio il complesso V-ATPasi, essenziale per l'acidificazione delle vescicole intracellulari. Inibendo questa acidificazione, queste sostanze chimiche impediscono la maturazione degli autofagosomi e la loro successiva fusione con i lisosomi, un processo in cui CALCOCO1 è coinvolto. Analogamente, la clorochina e il suo più potente derivato Lys05 innalzano il pH dei lisosomi, compromettendo il processo di degradazione all'interno degli autolisosomi e inibendo così la funzione di CALCOCO1 legata al turnover autofagico. La monensina interrompe anche l'acidificazione lisosomiale, impedendo ulteriormente la fusione tra autofagosomi e lisosomi, fase critica in cui CALCOCO1 esercita la sua funzione.
D'altra parte, sostanze chimiche come la 3-metiladenina, la wortmannina, il LY294002 e la spautina-1 inibiscono diverse classi di fosfatidilinositolo 3-chinasi (PI3K) o promuovono la degradazione dei loro complessi, essenziali per la nucleazione e la formazione degli autofagosomi. Impedendo le fasi iniziali della formazione degli autofagosomi, questi inibitori ostacolano il percorso in una fase precoce, inibendo così funzionalmente CALCOCO1, non permettendogli di partecipare alle fasi successive dell'autofagia. Inoltre, la vinblastina e il paclitaxel interrompono la dinamica dei microtubuli, fondamentale per il traffico degli autofagosomi e l'eventuale fusione con i lisosomi, una via di traffico cellulare essenziale per la funzione di CALCOCO1. SAR405 inibisce specificamente il complesso PI3K Vps34, che ha un ruolo centrale nell'avvio dell'autofagia. L'inibizione di Vps34 influisce direttamente sulla formazione degli autofagosomi, inibendo così la funzione di CALCOCO1 nella via autofagica.
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