SETドメイン含有タンパク質であるC5orf35は、様々な生化学的活性化メカニズムに従う。アデニリルシクラーゼを直接刺激してサイクリックAMP(cAMP)を産生させる化合物は、このタンパク質の活性化に大きく寄与する。セカンドメッセンジャーとして機能する細胞内cAMPの増加は、プロテインキナーゼA(PKA)を活性化し、このPKAはC5orf35をリン酸化し、活性を高める。さらに、cAMPの分解を担うホスホジエステラーゼを阻害すると、cAMP依存性経路が増強される。このcAMPの蓄積は、前述のPKAを介したリン酸化を介したC5orf35の活性化をさらにサポートする。さらに、C5orf35遺伝子周辺のエピジェネティックな景観を変化させることで、その発現と活性が変化する。ヒストン脱アセチル化酵素とDNAメチル化酵素の阻害剤は、それぞれクロマチン構造とメチル化パターンを変化させ、転写装置に対する遺伝子のアクセス性を高め、C5orf35発現のアップレギュレーションにつながる可能性がある。
一方、シグナル伝達経路を標的とする化合物もまた、C5orf35の制御に重要な役割を果たしている。例えば、レチノイン酸レセプターが関与する特定の経路の活性化は、C5orf35遺伝子のプロモーターエレメントと相互作用して、その発現を高めることができる。他の化合物は、主要な転写因子を脱アセチル化するサーチュインタンパク質を活性化し、C5orf35の転写を増加させる可能性がある。さらに、GSK-3の阻害はWntシグナル伝達経路の活性化につながり、この経路はβ-カテニンを介した転写機構を通して、C5orf35を含む様々な遺伝子の転写活性化と関連している。
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