Les composés comme la génistéine agissent différemment, principalement en tant qu'inhibiteurs de tyrosine kinase, mais aussi en influençant l'activité des protéines par la modulation des voies de signalisation. L'acide rétinoïque, un dérivé de la vitamine A, s'associe aux récepteurs de l'acide rétinoïque pour réguler l'expression des gènes, un processus qui peut avoir un effet profond sur l'état fonctionnel des protéines. Le chlorure de lithium emprunte une autre voie en inhibant GSK-3β, activant ainsi la voie de signalisation Wnt et influençant l'activité des protéines.
Plus loin dans la machinerie cellulaire, l'U0126 sert d'inhibiteur de la MEK, avec le potentiel de modifier l'activité des protéines qui sont régulées par la voie de la MAPK. De même, KN-93, qui inhibe CaMKII, et LY294002, un inhibiteur de PI3K, peuvent moduler indirectement l'activité des protéines dans leurs voies respectives de signalisation calcique et PI3K/AKT. L'inhibition de la GSK-3 par le SB216763 entraîne l'activation de la signalisation Wnt, ce qui peut également avoir un effet d'entraînement sur l'activité des protéines. Le H-89, bien qu'il soit un puissant inhibiteur de la PKA, peut également exercer des effets hors cible susceptibles d'influencer l'activité d'une série de protéines. L'acide okadaïque, puissant inhibiteur des protéines phosphatases 1 et 2A, provoque une augmentation de la phosphorylation des protéines, ce qui peut conduire à l'activation de certaines protéines. La trichostatine A, en inhibant les histones désacétylases, modifie l'expression des gènes, ce qui peut avoir un impact sur l'activité des protéines.
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