Os inibidores químicos da proteína C12orf54 podem modular a atividade desta proteína através de uma variedade de mecanismos, visando diferentes vias de sinalização e enzimas envolvidas nos processos celulares. A estafurosporina é um inibidor da proteína quinase de largo espetro, que pode inibir a fosforilação necessária para a função da C12orf54. Ao impedir a atividade da quinase, a estauroporina pode interromper a ativação do C12orf54 que depende de eventos de fosforilação. Do mesmo modo, a rapamicina, ao inibir a mTOR, pode suprimir os efeitos a jusante das vias que podem ser cruciais para a função do C12orf54, conduzindo a uma síntese proteica reduzida e a alterações no ciclo celular que, de outro modo, seriam necessárias para a plena atividade do C12orf54.
O LY294002 e a Wortmannin têm ambos como alvo a PI3K, perturbando a via de sinalização AKT/mTOR, que é fundamental para a sobrevivência e proliferação celular. Esta perturbação pode impedir a ativação do C12orf54 se este for um efector a jusante nesta via. O PD98059 e o U0126, como inibidores da MEK, e o Sorafenib, como inibidor da quinase RAF, impedem a ativação da via MAPK/ERK, que é responsável pela regulação do crescimento e da diferenciação celular. Esta inibição pode impedir a sinalização necessária para a atividade do C12orf54. A inibição selectiva da p38 MAPK pelo SB203580 pode interromper de forma semelhante as vias de sinalização da resposta ao stress que podem regular o C12orf54. O PP2 e o Dasatinib, que inibem as tirosina quinases da família Src e as quinases Bcr-Abl, respetivamente, bloqueiam as vias de sinalização que são vitais para a regulação de vários processos celulares, impedindo assim potencialmente a atividade funcional do C12orf54. A interferência do sunitinib nos receptores tirosina-quinases pode levar à inibição das vias de que o C12orf54 pode depender para a sua ativação. Por último, o SP600125, ao inibir a JNK, pode obstruir a sinalização de que o C12orf54 necessitaria se fosse regulado pela via MAPK activada pelo stress, demonstrando ainda a diversidade de mecanismos pelos quais os inibidores químicos podem modular a atividade do C12orf54.
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