ボマピンの化学的阻害剤は、ボマピンが制御することが知られているタンパク質分解経路と相互作用することにより機能する。セリンプロテアーゼ阻害剤であるAEBSFは、ボマピンが標的とするプロテアーゼを阻害することができ、これらの経路におけるボマピンの制御的役割の機能的必要性を効果的に減少させる。同様に、広範囲なセリンプロテアーゼ阻害剤であるアプロチニンも、ボマピンの制御下にある複数のプロテアーゼの活性を阻害することができ、ボマピンの制御作用を冗長にする。ガベキサートとナファモスタットは、ともにセリンプロテアーゼ阻害剤であるが、同じ経路の主要なプロテアーゼを阻害することにより、ボマピンの機能的必要性をさらに低下させ、間接的にボマピンの活性を機能的に阻害する。もう一つのセリンプロテアーゼ阻害剤であるカモスタットは、ボマピンが調節するはずの酵素の活性を低下させ、細胞内でのボマピンの役割に影響を与える。
トラネキサム酸は、プラスミノーゲンの活性化を阻害することにより、間接的にタンパク質分解環境に影響を与え、ボマピンの機能活性に影響を与える。E-64は、主にシステインプロテアーゼ阻害剤であるが、細胞内の蛋白分解バランスを変化させることがあり、ボマピンが調節上重要な役割を持つ経路に影響を与える可能性がある。セリンプロテアーゼとシステインプロテアーゼの両方を阻害するロイペプチンは、これらの酵素の活性を低下させることにより、ボマピンの機能的役割を減少させる可能性がある。アスパラギン酸プロテアーゼ阻害剤であるペプスタチンAとキモトリプシン様セリンプロテアーゼ阻害剤であるキモスタチンもまた、同じ調節枠内で他の酵素の活性を阻害することにより、ボマピンの作用の必要性を減少させることができる。アンチペインは、セリンプロテアーゼとシステインプロテアーゼを阻害することによって、ボマピンの調節作用の必要性を減少させることができる。最後に、メタロプロテアーゼ阻害剤であるホスホラミドンは、ボマピンに関連するプロテアーゼ活性を変化させ、プロテアーゼ調節におけるボマピンの機能的役割を減少させる可能性がある。
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