ATP6F活性化物質には、様々な細胞経路に作用することにより、間接的にATP6Fの機能的活性の上昇を促す化学物質が含まれる。ATP6Fがプロトン移動性ATPaseであると仮定すると、その活性化は、細胞膜を横切るプロトン勾配を再確立するために極めて重要であり、ATP合成、栄養素の輸入、pH調節などのプロセスに不可欠である。オメプラゾールのようなプロトンポンプ阻害剤は、胃のpHを維持するためにプロトン輸送の需要を生み出し、ATP6Fの代償活性を促進する可能性がある。同様に、ジンクピリチオンは、細胞内の亜鉛濃度を増加させることにより、タンパク質の構造を安定化させ、その機能を高める作用があると考えられる。
FCCP、Monensin、Nigericin、Valinomycin、Gramicidinのようなイオノフォアは、膜全体のイオン勾配を乱し、ATP6Fのホメオスタシス的役割が、これらの不均衡を修正するために高まるような状況をもたらす可能性がある。V-ATPaseの阻害剤であるバフィロマイシンA1など、他のイオンポンプやチャネルの阻害も、ATP6F活性の間接的なアップレギュレーションにつながる可能性がある。細胞のイオンバランスは重要であり、アミロリド、ベラパミル、ニトレンジピンなど、それぞれNa+/H+交換やカルシウムチャネルに影響を与える薬剤によって乱されると、ATP6Fは平衡を回復するためにその活性を高めるよう求められるかもしれない。DCCDはプロトンチャンネルを阻害することにより、同様にATP6Fの活性を高める必要がある。これらの化合物はすべて、細胞のイオン恒常性に対してそれぞれ異なる作用を持つことから、ATP6Fの活性を高める間接的な手段となる。
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