Os inibidores da Atg4D consistem num grupo diversificado de compostos químicos que interferem com o fluxo autofágico, inibindo assim indiretamente a atividade proteolítica da Atg4D nas proteínas relacionadas com a LC3, que é essencial para o processo autofágico. Por exemplo, os inibidores da H+-ATPase vacuolar, como a Concanamicina A e a Bafilomicina A1, impedem a acidificação dos lisossomas, uma etapa necessária para a fusão dos autofagossomas com os lisossomas. Sem uma acidificação adequada, a degradação dos substratos autofágicos é prejudicada, o que, por sua vez, pode afetar a atividade da Atg4D. A Atg4D é crucial para preparar as proteínas relacionadas com LC3 através da delipidação, um processo que permite a reciclagem destas proteínas e a promoção de outros eventos autofágicos.
Outros compostos, como a Cloroquina e a 3-Metiladenina, inibem a autofagia por mecanismos diferentes. A cloroquina aumenta o pH das vesículas intracelulares, o que perturba a maturação dos autofagossomas, enquanto a 3-Metiladenina inibe a PI3K de classe III, impedindo a formação de autofagossomas numa fase precoce.
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