Atg4D 억제제는 자가포식 플럭스를 방해하는 다양한 화합물 그룹으로 구성되어 자가포식 과정에 필수적인 LC3 관련 단백질에 대한 Atg4D의 단백질 분해 활성을 간접적으로 억제합니다. 예를 들어, 콘카나마이신 A 및 바필로마이신 A1과 같은 진공 H+-ATPase의 억제제는 오토파지와 리소좀의 융합에 필요한 단계인 리소좀의 산성화를 방지합니다. 적절한 산성화가 이루어지지 않으면 자가포식 기질의 분해가 손상되어 Atg4D의 활성에 영향을 미칠 수 있습니다. Atg4D는 이러한 단백질의 재활용과 추가적인 자가포식 작용을 촉진하는 과정인 지질화를 통해 LC3 관련 단백질을 준비하는 데 매우 중요합니다.
클로로퀸 및 3-메틸아데닌과 같은 다른 화합물은 다른 메커니즘으로 자가포식을 억제합니다. 클로로퀸은 세포 내 소포의 pH를 증가시켜 오토파지솜 성숙을 방해하고, 3-메틸아데닌은 클래스 III PI3K를 억제하여 초기 단계에서 오토파지솜이 형성되는 것을 방지합니다.
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