アシル-CoAチオエステラーゼ10の化学的阻害剤は、その基質の利用可能性に影響を与えたり、酵素の機能に影響を与えるような形で酵素の環境を変化させたりすることによって、酵素の活性を調節することができる。例えば、トリアクシンCは、長鎖アシル-CoA合成酵素を阻害することにより、アシル-CoAの生合成経路を標的とする。この作用により、アシル-CoA分子のプールが減少し、アシル-CoAチオエステラーゼ10が効果的に機能するのに必要な基質の利用可能性が減少する。同様に、ペルヘキシリン、エトモキシル、オキソフェニシンは、β-酸化のためにミトコンドリアに入る長鎖脂肪酸の重要なトランスポーターであるカルニチンパルミトイルトランスフェラーゼ-1(CPT-1)を阻害する。これらの阻害剤は長鎖アシル-CoAの蓄積を引き起こし、アシル-CoAチオエステラーゼ10を基質が阻害されるまでに飽和させ、触媒活性を阻害する。
マロニル-CoAのような他の化合物はCPT-1を妨害し、正常なアシル-CoA/CoA比の崩壊をもたらし、基質濃度の不均衡によりアシル-CoAチオエステラーゼ10の活性を阻害する可能性がある。ミルドロネートはカルニチンの合成を低下させるため、脂肪酸のミトコンドリアへの輸送に影響を与え、アシル-CoAチオエステラーゼ10が利用できる基質を制限し、酵素の間接的な阻害につながる。AICARは、AMP活性化プロテインキナーゼを活性化することにより、脂肪酸酸化を増加させ、アシル-CoAチオエステラーゼ10の基質を枯渇させ、その機能を阻害する。リモナバントとニコチン酸は、遊離脂肪酸とそれに対応するアシル-CoA誘導体の合成または利用可能性の減少につながる代謝経路に影響を与え、それによって酵素の基質を制限する。ググルステロンは脂質代謝を調節し、アシル-CoA分子の合成を減少させ、結果としてアシル-CoAチオエステラーゼ10を阻害する可能性がある。最後に、フェノフィブラートとクルクミンは、それぞれ脂肪酸β酸化と脂質代謝に影響を与えることで、アシル-CoAチオエステラーゼ10の活性を調節し、酵素が作用するアシル-CoA分子のプールを減少させる可能性がある。
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