Gli attivatori chimici delle cilia e della proteina 46 associata alla flagella possono coinvolgere diverse vie di segnalazione per avviare la sua attivazione funzionale. La forskolina, ad esempio, è nota per la sua capacità di stimolare direttamente l'adenilato ciclasi, aumentando così i livelli intracellulari di cAMP. Questo aumento di cAMP può portare all'attivazione della protein chinasi A (PKA), che può fosforilare la proteina 46 associata alle cilia e ai flagelli, potenziandone l'attività. Allo stesso modo, l'IBMX ha la funzione di inibire le fosfodiesterasi, che scindono il cAMP, sostenendo così i suoi livelli all'interno della cellula e supportando indirettamente l'attivazione della PKA che può fosforilare la proteina 46 associata alle cilia e ai flagelli. Un altro attivatore, il forbolo 12-miristato 13-acetato (PMA), ha come bersaglio la protein chinasi C (PKC), una chinasi nota per fosforilare una vasta gamma di proteine. Al momento dell'attivazione, la PKC può avere come bersaglio la proteina 46 associata alle cilia e ai flagelli, determinandone l'attivazione attraverso la fosforilazione diretta.
Inoltre, la ionomicina e l'A23187 esercitano i loro effetti aumentando le concentrazioni intracellulari di calcio, che possono attivare una serie di chinasi calcio-dipendenti. Queste chinasi, a loro volta, possono fosforilare e attivare le cilia e la proteina 46 associata alla flagella. La tapigargina agisce inibendo la pompa SERCA, determinando un aumento simile del calcio intracellulare che potrebbe innescare l'attivazione delle cilia e della proteina 46 associata alla flagella attraverso elementi calcio-responsivi. Gli inibitori della fosfatasi, come l'acido okadaico e la calicolina A, impediscono la de-fosforilazione delle proteine, mantenendo così la proteina 46 associata alle cilia e ai flagelli in uno stato fosforilato e quindi attivo. L'anisomicina attiva le protein chinasi attivate dallo stress, che possono indirizzare la proteina 46 associata alle cilia e alla flagella per la fosforilazione e la conseguente attivazione. La molecola lipidica acido fosfatidico può avviare la cascata di segnalazione mTOR, che comprende chinasi in grado di fosforilare la proteina 46 associata a cilia e flagelli, mentre l'oleoiletanolamide attiva i recettori PPAR che potrebbero stimolare le chinasi a fosforilare e attivare questa proteina. Infine, la sfingosina-1-fosfato, attraverso i suoi recettori accoppiati a proteine G, può attivare chinasi a valle che sono potenziali attivatori della proteina 46 associata a cilia e flagelli attraverso eventi di fosforilazione.
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