Chemische Aktivatoren der Zilien und des flagellenassoziierten Proteins 300 können deren Aktivierung über mehrere biochemische Wege bewirken, in erster Linie durch die Modulation intrazellulärer Phosphorylierungszustände. Forskolin erhöht durch seine Wirkung auf die Adenylatzyklase den Gehalt an zyklischem AMP (cAMP) in der Zelle. Erhöhtes cAMP aktiviert die Proteinkinase A (PKA), die dann verschiedene Proteine zur Phosphorylierung ansteuert. Die PKA phosphoryliert das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 300 und fördert damit die Aktivierung des Proteins. Ähnlich wirkt Phorbol 12-Myristat 13-Acetat (PMA) als direkter Aktivator der Proteinkinase C (PKC), die das Protein ebenfalls phosphoryliert und aktiviert. Darüber hinaus nutzt 1,2-Dioctanoyl-sn-Glycerin, ein synthetisches Diacylglycerin-Analogon, denselben Weg, indem es die PKC aktiviert, was zur Phosphorylierung und anschließenden Aktivierung des Zilien- und Geißel-assoziierten Proteins 300 führt.
Darüber hinaus kann der Anstieg des intrazellulären Kalziumspiegels, entweder durch Kalziumionophore wie Ionomycin und A23187 oder durch die Hemmung der Kalziumpumpen durch Thapsigargin, die Aktivierung von Calmodulin-abhängigen Kinasen auslösen. Diese Kinasen phosphorylieren dann das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 300 und verändern dessen Aktivität. Calyculin A und Okadainsäure verhindern durch Hemmung der Proteinphosphatasen 1 und 2A die Dephosphorylierung von Proteinen und halten so das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 300 in einem phosphorylierten, aktiven Zustand. Anisomycin, das stressaktivierte Proteinkinasen aktiviert, und BAPTA-AM, ein zellpermeabler Calciumchelator, der nach der Hydrolyse aktiv wird, können zur Phosphorylierung des Proteins führen. Schließlich können Piceatannol und Chelerythrinchlorid, obwohl sie typischerweise Inhibitoren spezifischer Kinasen sind, indirekt die Aktivierung anderer Kinasen bewirken, die dann das Zilien- und Geißel-assoziierte Protein 300 phosphorylieren und aktivieren, was das komplizierte Gleichgewicht der zellulären Signalwege bei der Regulierung der Proteinfunktion verdeutlicht.
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