Gene Silencers

Santa Cruz Biotechnology now offers target-specific CRISPR/Cas9 Knockout (KO) Plasmids, CRISPR Double Nickase Plasmids, CRISPR/ dCas9 Activation Plasmids and CRISPR Lenti Activation Systems for over 18,910 human and 18,340 mouse protein encoding genes.

RNAi 역사

RNA interference (RNAi)는 노벨상 수상자 Fire과 Mellow가 (1) 발견한 유전자 억제 방법으로서 분자 생물학의 가장 유망한 발견 중 하나입니다. 내재적인 RNAi 관련 현상은 in vivo 바이러스 감염에 대한 방어의 중요한 구성요소이고 transposon 이동성 (2), gene expression profile (3), 그리고 세포 운명 (4) 과 연관되어 있습니다 (5). RNAi 기전에는 세가지 중요 요소가 있습니다. RNAi는 heterochromatin 형성을 변형해서 유전자 전사를 억제합니다 (6). 또한 RNAi는 두 가지의 전사후단계 조절을 사용합니다. 첫째는 target mRNA의 번역단계 조절이고 (7), 둘째는 RISC와 결합하여 target mRNA를 분해하는 방법입니다 (8). dsRNA가 dicer라는 단백질 합성물과 결합하고, dicer는 dsRNA를 (2)(1)-(2)(3) bp 정도 크기의 작은 조각으로 분해합니다. 이때, RISC complex가 이 분해된 dsRNA과 결합하고 RISC complex의 RNAse인 argonaute를 통해 이중가닥 중 하나의 RNA를 제거합니다. 남은 RNA 가닥과 RISC complex는 complementary binding에 의해 target mRNA와 연결되고 그 mRNA를 분해합니다.

RNAi는 신약개발과 치료제로 사용될 가는성이 매우 높은 기술입니다. RNAi는 위에 설명된 세가지 방법으로 다양한 유기체와 세포의 유전자 발현을 억제해서 유전자와 단백질의 역할을, 특히 Human Genome Project를 통해 밝혀진 수많은 유전자의 생체 내 기능을 연구하는데 사용되고 있습니다. (9).

RNAi의 자세한 메커니즘은 알려지지 않았지만, 위에 설명된 dicer와 RISC complex를 통한 mRNA degradation이 가장 잘 설명된 메커니즘입니다.

Santa Cruz Biotechnology, Inc.에서는 99%의 protein-encoding human and mouse gene에 대한 shRNA Lentiviral Particle, shRNA Plasmid과 siRNA gene silencer를 판매 합니다.Santa Cruz Biotechnology, Inc. 에서는 > 99% 사람과 생쥐의 단백질코딩 유전자에 대한 RNAi 유전자침묵, siRNA, shRNA Plasmid 와 shRNA Lentiviral 등 제품을 판매합니다.

Santa Cruz Biotechnology, Inc.에서 제공하는 RNA intrference 제품들을 소개합니다.

siRNA Gene Silencers

siRNA description:

  • siRNA: small interfering RNA 또는 short interfering RNA
  • Lipid-based transfection reagent로 세포를 transfect 하셔야 됩니다.
  • Transient knock-down에 사용하실 수 있습니다.

siRNA product details:

  • siRNA Gene Silencer는 3개의 19-25 nucleotide double stranded RNA pool로 구성되 있습니다. 각 double stranded RNA에 2-nt 3' overhang이 있습니다.
  • 10 µM, 50-100 transfections
  • Individual gene silencing을 확인하시기 원하시면 각 siRNA duplex를 따로 제공해 드릴 수 있습니다.

Support Products for siRNA Gene Silencers:

  • control antibody
  • RT-PCR Primers
  • siRNA Dilution Buffer, sc-29527
  • siRNA Transfection Reagent, sc-29528
  • siRNA Transfection Medium, sc-36868
  • siRNA Reagent System, sc-45064
  • Control siRNAs, including Control siRNA-A, sc-37007
  • Control siRNA (FITC Conjugate)-A, sc-36869
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siRNA Gene Silencer 메커니즘

Download siRNA Protocols

FGF-19 siRNA (h): sc-39480

CD9 siRNA (h): sc-35032

Daxx siRNA (h): sc-35178

Cdc6 siRNA (h): sc-29258

cytochrome c siRNA (h): sc-29292

cPLA2 siRNA (h): sc-29280

ERK 1 siRNA (m): sc-29308

c-Src siRNA (h): sc-29228

p53 siRNA (h): sc-29435

Lamin A/C siRNA (h): sc-35776

shRNA Plasmid Gene Silencers

shRNA Plasmid description:

  • shRNA: small hairpin RNA또는 short hairpin RNA
  • Plasmids encoding shRNA는 lipid-based transfection으로 세포에 transfect 됩니다.
  • shRNA plasmid으로 transient 또는 stable knockdown이 가능합니다.
  • 저희 shRNA Plasmid은 3-5개의 lentiviral vector plasmid으로 구성되 있습니다. 각 lentiviral vector plasmid은 19-25 nucleotide (plus hairpin) shRNA와 6bp loop을 encode하고 있습니다.
  • 20 µg, 20 transfections
  • shRNA transcription은 H1 promoter를 통해서 이루어집니다.
  • Transfection-ready purified plasmid DNA로 제공됩니다.
  • Transfection 후 stable cell line을 puromycin treatment로 가려내실 수 있습니다.

Support Products for shRNA Plasmid Gene Silencers:

  • control antibody
  • RT-PCR Primers
  • shRNA Plasmid Transfection Reagent, sc-108061
  • shRNA Plasmid Transfection Medium, sc-108062
  • Control shRNA Plasmid-A, sc-108060
  • Control shRNA Plasmid-B, sc-108065
  • Control shRNA Plasmid-C, sc-108066

Confirm shRNA Plasmid Gene Silencer transfection efficiency with copGFP Control Plasmid: sc-108083

Generate Cells with stable expression of shRNA

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shRNA Plasmid DNA Gene Silencer 메커니즘

Download shRNA Protocols

IL-1α shRNA Plasmid (h): sc-39613-SH

PTN shRNA Plasmid (m): sc-39714-SH

TCF-4 shRNA Plasmid (h): sc-43525-SH

MIS shRNA Plasmid (h): sc-39793-SH

VEGF-D shRNA Plasmid (h): sc-39844-SH

Amylase shRNA Plasmid (h): sc-29675-SH

FGF-19 shRNA Plasmid (h): sc-39480-SH

MMP-9 shRNA Plasmid (h): sc-29400-SH

BMP-4 shRNA Plasmid (h): sc-39744-SH

Cyr61 shRNA Plasmid (h): sc-39331-SH

shRNA Lentiviral Particles

shRNA Lentiviral Particle description:

  • shRNA: small hairpin RNA또는 short hairpin RNA
  • Lentiviral Particle은 shRNA encoding plasmid을 target 세포로 전달합니다.
  • Transient 또는 Stable knock-down이 가능합니다.
  • Lentiviral Particle은 human과 mouse gene silencing을 위한 transduction ready virus로 제공됩니다.
  • 106바이러스 감염단위(IFU)를 함유한 200 µl frozen viral stock , 10-20회의 형질도입에 충분히 사용가능합니다
  • Lentiviral Particle은 3-5 개의 expression construct로 구성되어 있고, 각 construct에는 6bp hairpin loop과 19-25 nt shRNA가 있습니다.
  • Transduction 후 purymycin treatment로 shRNA expressing 세포를 select 하실 수 있습니다.
  • copGFP Control Lentiviral Particles 로 transduction efficiency를 확인하실 수 있습니다. Transduction 된 target 세포는 flow cytometry 또는 fluorescence microscopy를 통해 GFP expression을 보실 수 있습니다.
  • 분열하지 않는 cell이나 transfection이 어려운 세포(neuronal cell, muscle cell, primary cell 등)에서도 tranduction이 가능합니다.
  • Biosafety 정보 - 저희 Lentiviral Particle은 replicate 하지 못하고 transduction과 genomic DNA inegration 후 self-inactivate 합니다.

Support Products for shRNA Lentiviral Particle Gene Silencers:

  • control antibody
  • RT-PCR Primers
  • Control shRNA Lentiviral Particles: sc-108080
  • copGFP Control Lentiviral Particles: sc-108084
  • Puromycin dihydrochloride: sc-108071

Generate Cells with stable expression of shRNA

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Lentiviral Particle Gene Silencer 메커니즘

Download Lentiviral Protocols

효과적인 Transduction Control을 사용하세요.

copGFP Control Lentiviral Particles

293T cells stably transduced with copGFP Control Lentiviral Particles (sc-108084) compared with non-transduced 293T cells as a negative control.


PNP shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-45991-V

ephrin-A1 shRNA (m) Lentiviral Particles: sc-39427-V

MCP-4 shRNA Plasmid (h): sc-72122-SH

TNFβ shRNA Plasmid (h): sc-37218-SH

Somatostatin shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-39728-V

Fos B shRNA (h) Lentiviral Particles: sc-35403-V

자주 묻는 질문

  • siRNA에 비한 shRNA의 장점은 무엇입니까?

    siRNA Gene Silencer를 사용하시면 빠르고 효과적인 transient (short-term) gene silencing을 하실 수 있습니다. shRNA Plasmid 또는 shRNA Lentiviral Particle을 puromycin selection과 사용하시면 stable (long-term) gene silencing을 하실 수 있습니다. 만약 target protein의 turnover이 느리면 shRNA Plasmid 또는 shRNA Lentiviral Particle을 사용하시는 것을 권합니다.

  • shRNA Lentiviral Particle과 shRNA Plasmid의 차이점은 무엇입니까?

    shRNA Plasmid을 사용하시면 transfection을 하셔야 됩니다. shRNA Lentiviral Particle은 transfection 없이 바로 transduction이 가능해서 transfection이 어려운 non-dividing cell과 primary cell 같은 mammalian cells에 유용합니다. shRNA Lentiviral Particle은 shRNA Plasmid과 같이 유전자 전달이 효율적이고 유전자가 세포의 염색체내로 안정하게 삽입된다는 (stable transfection) 장점을 가지고 있습니다. Lentiviral particle은 dry ice에 배송되고, shRNA Plasmid은 blue ice에 배송됩니다.

  • Lentiviral shRNA 사용이 위험합니까?

    Lentiviral particle은 standard Biosafety Level 2 tissue culture facilities에서 사용하실 수 있습니다. 저희 Lentiviral Particle은 replicate 하지 못하고 transduction과 genomic DNA inegration 후 self-inactivate 합니다.

  • shRNA sequence들이 같은 gene의 siRNA sequence와 같습니까? Sequence를 알려 주실 수 있습니까?

    네. shRNA sequence는 같은 gene의 siRNA sequence와 같습니다. Sequence는 제품 구입 후에 알려 드릴 수 있습니다. Sequence를 원하시면 기술지원팀으로 연락하세요.

  • shRNA Plasmid이 3-5개의 plasmid pool로 제공됩니다. 각 plasmid이 따로, 다른 vial에 제공되나요? Pool의 shRNA plasmid을 따로 살수 있나요?

    shRNA Plasmid은 한 vial에 제공됩니다. 각 siRNA strand는 따로 구입하실 수 있지만 shRNA strand는 pool로만 판매합니다.

  • 무슨 Lentiviral Vector를 사용하세요? "Vector name"이 무엇입니까?

    저희는 주문 제작한 proprietary vector를 사용하고 있습니다. 자세한 정보를 원하시면 기술지원팀으로 연락하세요.

  • Vector는 무슨 promoter를 사용하나요?

    Vector는 H1 promoter를 사용합니다.

  • Vector에는 무슨 selection marker이 있나요?

    Vector에는 puromycin N-acetyltransferase enzyme을 encode 하는 Puromycin resistance gene이 있습니다. 이 gene을 통해서 transfected 또는 transduced 세포들을 select 하실 수 있습니다.

  • Lentiviral vector plasmid을 어떻게 번식시키나요?

    shRNA Plasmid과 Lentiviral Particle은 transfection / transduction-ready 제품입니다. 다른 준비 없이 바로 사용하실 수 있습니다. shRNA Gene Silencers에 propagation protocol은 제공되지 않습니다.

  • copGFP는 무엇입니까? 그리고 shRNA plasmid과 Lentiviral Particle과는 어떻게 사용되나요?

    copGFP plasmid 또는 copGFP Lentiviral Particle를 control target cell에 사용하시면 transfection 또는 viral transduction efficiency를 확인하실 수 있습니다. copGFP plasmid과 copGFP Lentiviral Particle은 copepod green fluorescent protein을 express 하고 transduction 된 target 세포에서는 flow cytometry 또는 fluorescence microscopy를 통해 GFP expression을 보실 수 있습니다.

  • (h)와 (h2) shRNA 제품에 차이점은 무엇입니까 (예: E-Cadherin, sc-35242-SH and sc-44222-SH)?

    (h)와 (h2) 제품들은 다른 sequence로 구성되어있지만 같은 gene을 target 하고 있습니다.

  • shRNA Plasmid을 사용하려면 어떤 보조 제품과 transfection reagent를 구입해야 하나요?

    저희는 shRNA Plasmid DNA Transfection Reagent, sc-108061과 shRNA Plasmid DNA Transfection Medium, sc-108062를 권합니다. Control shRNA Plasmid DNA는 sc-108060 (A), sc-108065 (B), 또는 sc-108066 (C)를 사용하세요. Control shRNA Plasmid DNA는 기존에 알려진 어떠한 cellular mRNA도 degradation시키지 않는 scramble sequence로 제작된 제품입니다.

References

  1. Fire, A., Xu, S.Q., Montgomery, M.K., Kostas, S.K., Driver, S.E. and Mello, C.C. 1998. Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature 391: 806-811.

  2. Das, P.P., Bagijn M.P., Goldstein, L.D., Woolford, J.R., Lehrbach, N.J., Sapetschnig, A., Buhecha, H.R., Gilchrist, M.J., Howe, K.L., Stark, R., Matthews, N., Berezikov, E., Ketting, R.F., Tavaré, S. and Miska E.A. 2008. Piwi and piRNAs Act Upstream of an Endogenous siRNA Pathway to Suppress Tc3 Transposon Mobility in the Caenorhabditis elegans Germline. Mol Cell 31: 79-90.

  3. Kawasaki, H., Taira, K. and Morris, K.V. 2005. siRNA Induced Transcriptional Gene Silencing in Mammalian Cells. Cell Cycle 4: 442-448.

  4. Georgantas III, R.W., Hildreth, R., Morisot, S., Alder, J., Liu, C.G., Heimfeld, S., Calin, G.A., Croce, C.M. and Civin, C.I. 2007. CD34+ hematopoietic stem-progenitor cell microRNA expression and function: A circuit diagram of differentiation control. PNAS 104: 2750-2755.

  5. Chotkowskia, H.L., Ciotab, A.T., Jiab, Y., Puig-Basagoitic, F., Kramerb, L.D., Shic, P.Y. and Glaser, R.L. 2008. West Nile virus infection of Drosophila melanogaster induces a protective RNAi response. Virology 377: 197-206.

  6. Kawasaki, H., Taira, K. and Morris, K.V. 2005. siRNA Induced Transcriptional Gene Silencing in Mammalian Cells. Cell Cycle 4: 442-448.

  7. Tamura, Y., Yoshida, M., Ohnishi, Y. and Hohjoh, H. 2008. Variation of gene silencing involving endogenous microRNA in mammalian cells. Mol Biol Rep, epub.

  8. Hammond,S.M., Boettcher, S., Caudy, A.A., Kobayashi, R. and Hannon, G.J. 2001. Argonaute2, a Link Between Genetic and Biochemical Analyses of RNAi. Science 293: 1146-1150.

  9. Zhanga, Y., Yanga, H., Xiaoa, B., Wub, M., Zhoua, W., Lia, J., Lib, G. and Christados, P. 2008. Dendritic cells transduced with lentiviral-mediated RelB-specific ShRNAs inhibit the development of experimental autoimmune myasthenia gravis. Mol Imunol, epub.

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