RNF40 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-404156

Panoramica

RNF40 codifica una ligasi E3 dell’ubiquitina con dominio RING finger che forma un eterodimero obbligato con RNF20 per monoubiquitinare l’istone H2B (H2BK120ub), una modifica chiave della cromatina che collega l’allungamento trascrizionale al crosstalk epigenetico con la metilazione di H3K4 e H3K79. Attraverso questa attività, RNF40 regola programmi di espressione genica dipendenti dalla RNA polimerasi II, l’accessibilità della cromatina e risposte coordinate al danno al DNA che richiedono rimodellamento della cromatina nei siti di stress replicativo o di rotture a doppio filamento. L’ubiquitinazione di H2B dipendente da RNF40 influisce sul controllo del ciclo cellulare e su reti trascrizionali specifiche di linea, rendendola rilevante per studi sulla stabilità del genoma e sulla trascrizione deregolata osservata nel cancro e in altri disordini proliferativi. Alterazioni della segnalazione di RNF40 sono state inoltre collegate a cambiamenti in vie infiammatorie e dello sviluppo tramite un controllo, dipendente dal contesto, della funzione di enhancer e promotori.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO RNF40 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene RNF40 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del RNF40 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto RNF40 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina RNF40.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di RNF40 per lo studio della segnalazione di RNF40, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni RNF40 critici per la funzione di RNF40
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di RNF40 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal RNF40 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal RNF40 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus RNF40. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal RNF40 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR RNF40 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia RNF40 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio RNF40 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.