DDX46 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-407298

Panoramica

DDX46 codifica un’elicasi dell’RNA ATP-dipendente che funge da componente centrale dell’U5 snRNP all’interno dello spliceosoma, sostenendo lo splicing del pre‑mRNA e la fedeltà del riconoscimento dei siti di splicing. Rimodellando i complessi RNA–proteina durante l’assemblaggio dello spliceosoma e la sua attivazione catalitica, DDX46 influenza la maturazione dei trascritti, i programmi di splicing alternativo e, a valle, la composizione del proteoma. L’alterazione dell’attività delle elicasi spliceosomali può modificare le reti di processamento dell’RNA che regolano la progressione del ciclo cellulare, le risposte al danno del DNA e gli output trascrizionali di adattamento allo stress. Un macchinario di splicing deregolato, inclusi i fattori associati a U5, è ampiamente implicato nel rimodellamento oncogenico del trascrittoma e nei meccanismi di malattie del neurosviluppo e neurodegenerative, rendendo DDX46 un nodo utile per studi di biologia dell’RNA.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX46 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DDX46 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DDX46 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DDX46 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina DDX46.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DDX46 per lo studio della segnalazione di DDX46, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DDX46 critici per la funzione di DDX46
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DDX46 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal DDX46 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal DDX46 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DDX46. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal DDX46 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR DDX46 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DDX46 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DDX46 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.