A forskolina, um diterpeno, liga-se à enzima adenilil ciclase, provocando um aumento do AMPc, um mensageiro essencial que anuncia a ativação das proteínas. Do mesmo modo, o isoproterenol, uma catecolamina sintética, liga-se aos receptores beta-adrenérgicos, desencadeando uma cascata que também aumenta os níveis de AMPc, sinalizando a ativação das proteínas. A dinâmica do cálcio no interior da célula é um determinante crucial da atividade das proteínas, um processo que a ionomicina influencia diretamente ao transportar iões de cálcio através das membranas, aumentando assim os níveis de cálcio intracelular. Em consonância com isto, a tapsigargina perturba o armazenamento de cálcio ao impedir a bomba SERCA, resultando num aumento da concentração de cálcio intracelular que pode levar a alterações na atividade das proteínas. O PMA adopta uma abordagem direta ao imitar o diacilglicerol (DAG), um ativador da proteína quinase C (PKC). Após a ativação, a PKC fosforila as proteínas alvo, modulando assim a sua atividade. Esta fosforilação é uma modificação essencial que pode alterar a função, a localização ou a interação de uma proteína com outras moléculas. O K252a, embora seja normalmente referido como um inibidor, ao alterar o equilíbrio da atividade da quinase, também influencia indiretamente o estado de fosforilação e, por conseguinte, a atividade das proteínas.
A cafeína e o IBMX apresentam uma estratégia para manter níveis elevados de cAMP, impedindo a sua degradação através da inibição da fosfodiesterase. Isto assegura um sinal de ativação sustentado no interior da célula. A genisteína emprega uma tática diferente ao inibir as tirosina quinases, o que pode levar a uma diminuição da fosforilação de certas proteínas, afectando indiretamente os estados de ativação de outras na rede de sinalização. O U73122 interrompe a via da fosfolipase C, afectando a produção de inositol trisfosfato (IP3) e diacilglicerol (DAG), mensageiros secundários que são parte integrante dos processos de sinalização celular. Ao modular estas vias, a atividade das proteínas pode ser afetada. O zaprinast e o LY294002, ao visarem fosfodiesterases e PI3K específicas, respetivamente, alteram os níveis de GMPc e a atividade da via Akt, ambas fundamentais para a regulação da ativação das proteínas.
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