Os inibidores da C20orf3 englobam substâncias químicas que visam várias vias celulares, que podem afetar a proteína direta ou indiretamente. O LY294002 e a Wortmannin, inibidores da PI3K, actuam bloqueando a via de sinalização da Akt. Se a C20orf3 for um efector a jusante da Akt, estes produtos químicos inibirão a sua atividade. Do mesmo modo, o inibidor de MEK1/2 U0126 e o inibidor de ERK PD98059 concentram-se na via MAPK. Se o C20orf3 for ativado ou regulado pela ERK, estes inibidores bloquearão essa interação. O impacto da atividade da cinase no C20orf3 também pode ser alterado pela Staurosporina, um inibidor não específico da cinase, e pelo SP600125, um inibidor da JNK. Estes inibidores interrompem os processos de fosforilação e modificação dependentes da quinase, que podem envolver o C20orf3.
Por outro lado, o Y-27632 e a blebistatina têm como objetivo a dinâmica celular, inibindo a ROCK e a miosina II. Se o C20orf3 tiver um papel na motilidade ou localização celular, estes inibidores irão afectá-lo. Num sentido diferente, o IWP-2 bloqueia a secreção de Wnt e pode, assim, suprimir o C20orf3 se este fizer parte da via de sinalização Wnt. Os inibidores da fosfatase, como a calicilina A e o ácido ocadaico, oferecem outra camada de controlo ao afectarem o estado de fosforilação das proteínas. Se o C20orf3 necessitar de fosforilação específica para a sua ativação ou função, estes inibidores interromperão esse processo. Finalmente, a rapamicina bloqueia o mTOR, afectando assim as vias de síntese proteica, e suprimirá a expressão do C20orf3 se este for sintetizado de forma dependente do mTOR.
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