アデノシン三リン酸とフォルスコリンは、タンパク質のリン酸化を促進し、活性状態を促進することが知られている。リン酸化は多くの場合、タンパク質の構造コンフォメーションを変化させる分子スイッチとして機能し、タンパク質が本来の生物学的機能を発揮できるようにする。イオノマイシンとPMAを含むこのクラスの他の化合物は、カルシウムやジアシルグリセロールなどの二次メッセンジャーの細胞内レベルを変化させることによってその効果を発揮し、それぞれカルシウム依存性キナーゼとプロテインキナーゼCの活性化につながる。これらのキナーゼは、多くのタンパク質のリン酸化とそれに続く活性化に重要な役割を果たしている。逆に、LY294002やU0126のような阻害剤は、シグナル伝達経路内の主要な酵素の機能を阻害することによって作用し、それによって、これらの経路の下流にあるタンパク質の活性化状態に間接的に影響を及ぼす。
これらの活性化因子の化学構造の多様性と標的特異性は、細胞内シグナル伝達ネットワークの複雑さを反映している。OR13C9のようなタンパク質の活性化は、交差する複数のシグナル伝達事象の正味の結果であり、それぞれがこれらの活性化因子の1つ以上によって調節される。MAPK経路を標的とするPD 98059やSB 203580のような化合物は、これらの経路がタンパク質活性の制御を含む多くの細胞プロセスの中心であることから、外部刺激に対する細胞応答の適応性を強調している。mTORを阻害するラパマイシンの役割は、タンパク質の合成と分解の間の複雑なバランスを示し、タンパク質の活性化を支配する精巧な制御システムをさらに説明する。
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