例えば、フォルスコリンはアデニルシクラーゼを刺激する能力でよく知られており、それによってcAMPレベルを上昇させ、多くのシグナル伝達プロセスの中心であるcAMP依存性プロテインキナーゼを活性化する。同様に、フォルボール12-ミリスチン酸13-アセテート(PMA)は、多様な細胞反応の制御に重要な酵素ファミリーであるプロテインキナーゼC(PKC)の強力な活性化因子である。
これらの活性化因子の作用は、キナーゼ活性化を介したシグナル伝達カスケードの開始だけにとどまらない。イオノマイシンのような化合物は細胞内のイオン濃度を変化させ、カルシウムシグナル伝達経路やカルシウムフラックスに敏感なタンパク質の配列に直接影響を与える。逆に、オカダ酸のホスファターゼ阻害剤としての役割は、タンパク質の脱リン酸化を防ぎ、活性状態を維持することで、C9orf68に関連するシグナル伝達プロセスを永続させる可能性がある。LY294002やU0126のような特異的阻害剤によるキナーゼ活性の操作は、タンパク質の機能やシグナル伝達ネットワーク内の相互作用に下流から影響を及ぼす可能性もある。これらの化合物は、それぞれPI3KとMEKを阻害することで、標的介入によるシグナル伝達経路の複雑な制御を例証している。ラパマイシンのような阻害剤は、mTORのようなよりグローバルな細胞制御因子を阻害する能力を示し、細胞の成長と増殖に関与する一連のタンパク質に影響を与える。並行して、p38 MAPキナーゼとMEK1を選択的に阻害するSB203580やPD98059のような化合物は、活性化因子がシグナル伝達経路を調節する特異性を示している。
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