Rent3b Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-406904

Panoramica

UPF3B codifica Rent3b, un componente fondamentale della macchina di decadimento dell’mRNA mediato da nonsense (NMD), che salvaguarda l’integrità del trascrittoma eliminando gli mRNA contenenti codoni di terminazione prematuri e regolando specifici sottogruppi di trascritti fisiologici. Rent3b è associato alla sorveglianza collegata al complesso di giunzione degli esoni (exon junction complex, EJC) e interagisce con fattori dell’NMD come UPF2 e UPF1 per accoppiare la terminazione della traduzione al turnover mirato dell’RNA. Attraverso queste attività, UPF3B influenza il controllo qualità dell’RNA, l’omeostasi dell’espressione genica e le risposte allo stress cellulare legate a un processamento aberrante dell’mRNA. L’alterazione dell’NMD dipendente da UPF3B è stata associata a fenotipi di neurosviluppo e a programmi di espressione modificati, rilevanti per disturbi neurologici e altre patologie correlate al metabolismo dell’RNA.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO Rent3b (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene UPF3B in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del UPF3B insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto UPF3B a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina Rent3b.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di UPF3B per lo studio della segnalazione di Rent3b, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni UPF3B critici per la funzione di Rent3b
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di UPF3B per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal Rent3b CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal Rent3b CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus UPF3B. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal Rent3b Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR Rent3b (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia UPF3B per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio UPF3B definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.