HIF PHD3 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-403671

Panoramica

EGLN3 codifica la prolyl idrossilasi 3 di HIF (PHD3), una diossigenasi sensibile all’ossigeno che idrossila le subunità HIF-α in modo dipendente dall’ossigeno e dal 2-ossoglutarato, favorendo l’ubiquitinazione mediata da VHL e la successiva degradazione proteasomiale. Attraverso questa via canonica della risposta all’ipossia, PHD3 contribuisce a modulare i programmi trascrizionali che controllano angiogenesi, metabolismo glicolitico, eritropoiesi e sopravvivenza cellulare in risposta a variazioni della tensione di ossigeno. L’attività di EGLN3 interseca anche il metabolismo mitocondriale e la segnalazione delle specie reattive dell’ossigeno, collegando lo stato nutrizionale e la disponibilità di ossigeno a un’espressione genica adattativa. La disregolazione dell’espressione o della funzione di EGLN3/PHD3 è stata associata ad alterazioni delle risposte ipossiche nella biologia del cancro, allo stress cellulare legato all’ischemia e a contesti di tumori neuroendocrini, a supporto del suo impiego come nodo meccanicistico nella ricerca sull’ipossia.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO HIF PHD3 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene EGLN3 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del EGLN3 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto EGLN3 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina HIF PHD3.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di EGLN3 per lo studio della segnalazione di HIF PHD3, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni EGLN3 critici per la funzione di HIF PHD3
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di EGLN3 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal HIF PHD3 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal HIF PHD3 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus EGLN3. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal HIF PHD3 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR HIF PHD3 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia EGLN3 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio EGLN3 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.