ALKBH6 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-407122

Panoramica

ALKBH6 codifica un membro della famiglia AlkB delle diossigenasi dipendenti da Fe(II)/2‑ossoglutarato, un gruppo proteico noto soprattutto per la demetilazione ossidativa degli acidi nucleici e di metaboliti correlati. Sebbene ALKBH6 rimanga meno caratterizzato rispetto ad altri paraloghi ALKBH, viene studiato nel contesto delle risposte cellulari allo stress da alchilazione, del mantenimento dell’integrità del genoma e della regolazione di processi legati alle modifiche degli acidi nucleici. La disregolazione dei componenti della via AlkB è spesso indagata per possibili connessioni con il carico mutazionale, lo stress replicativo e alterazioni dei profili di modifica di RNA/DNA nel cancro e in altre condizioni associate a instabilità genomica. Modelli di perturbazione di ALKBH6 supportano studi meccanicistici sulla segnalazione della risposta al danno al DNA, sulla scelta delle vie di riparazione e sulle conseguenze trascrizionali o epitranscrittomiche a valle.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO ALKBH6 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene ALKBH6 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del ALKBH6 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto ALKBH6 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina ALKBH6.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di ALKBH6 per lo studio della segnalazione di ALKBH6, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni ALKBH6 critici per la funzione di ALKBH6
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di ALKBH6 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal ALKBH6 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal ALKBH6 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus ALKBH6. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal ALKBH6 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR ALKBH6 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia ALKBH6 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio ALKBH6 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.