Gli inibitori chimici di ZNF616 possono agire attraverso diverse vie biochimiche per inibire l'attività di questa proteina. PD173074, ad esempio, inibisce i recettori del fattore di crescita dei fibroblasti (FGFR), che sono probabilmente coinvolti nelle vie di segnalazione cellulare di cui fa parte ZNF616. L'inibizione degli FGFR può portare a una diminuzione della segnalazione a valle, necessaria per la funzione di ZNF616. Allo stesso modo, LY294002 e Wortmannin sono inibitori delle fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), che svolgono un ruolo fondamentale nella via di segnalazione AKT. Questa via è fondamentale per molti processi cellulari e la sua inibizione può portare a una riduzione dell'attività di varie proteine a valle, tra cui ZNF616. Ostacolando la via PI3K/AKT, LY294002 e Wortmannin possono sopprimere la funzionalità di ZNF616. U0126 ha come bersaglio MEK, una chinasi a monte della via di segnalazione ERK. Poiché ERK è un regolatore chiave di numerose funzioni cellulari, la sua inibizione da parte di U0126 può interrompere l'attività di effettori a valle come ZNF616.
Inoltre, SP600125 e SB203580 sono inibitori rispettivamente della c-Jun N-terminal kinase (JNK) e della p38 MAP kinase. Sia JNK che p38 sono membri della famiglia delle mitogeno-attivate protein chinasi (MAPK), che è coinvolta nelle risposte cellulari a una varietà di stimoli. L'inibizione di queste chinasi da parte di SP600125 e SB203580 può portare all'interruzione delle cascate di segnalazione che altrimenti influenzerebbero l'attività di ZNF616. Bortezomib determina l'inibizione del proteasoma, che può portare alla stabilizzazione e all'accumulo di proteine che naturalmente inibiscono l'attività di ZNF616. PP2 e Dasatinib, in quanto inibitori delle chinasi della famiglia Src, ostacolano l'attività di chinasi che sono probabilmente a monte di ZNF616 nelle vie di segnalazione, con conseguente inibizione di ZNF616. Sorafenib agisce su più tirosin-chinasi e può inibire le vie di segnalazione che sono parte integrante della funzione di ZNF616. La tapigargina inibisce l'ATPasi del Ca2+ del reticolo sarcoplasmatico/endoplasmatico (SERCA), alterando la segnalazione del calcio che è essenziale per vari processi cellulari, compresi quelli in cui è coinvolto ZNF616. Infine, la rapamicina inibisce il target meccanico della rapamicina (mTOR), un componente centrale di una via di segnalazione cellulare che regola la crescita e il metabolismo, che può inibire l'attività funzionale di ZNF616.
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