Gli inibitori chimici di ZNF202 possono agire attraverso vari meccanismi per interrompere la sua funzione, mirando principalmente ai suoi domini zinc finger, essenziali per il legame con il DNA. Il 2-mercaptoetanolo, ad esempio, interferisce con i legami disolfuro all'interno di questi domini, inducendo cambiamenti conformazionali che inibiscono la capacità di ZNF202 di interagire con il DNA. Analogamente, la 1,10-fenantrolina e il PDTC agiscono chelando gli ioni zinco, privando ZNF202 del cofattore strutturale necessario per mantenere la sua conformazione di legame con il DNA. Anche il TPEN, un chelante più selettivo, sequestra gli ioni di zinco e questa deplezione provoca l'inibizione funzionale di ZNF202, destabilizzando i suoi cruciali motivi zinc finger.
Perturbando ulteriormente le dita di zinco di ZNF202, composti come il clotrimazolo e l'ebselen esercitano i loro effetti inibitori legandosi direttamente ai domini delle dita di zinco della proteina. Il clotrimazolo altera la conformazione della proteina, impedendo l'interazione con il DNA, mentre l'interazione di Ebselen con i residui di cisteina può potenzialmente modificare l'integrità strutturale dei domini zinc finger. Il dietilditiocarbammato segue un percorso simile di chelazione dello zinco, staccando gli ioni metallici critici per la funzione di ZNF202. La modifica covalente dei residui di cisteina all'interno di ZNF202 da parte della 3,5-dibromo-4-idrossibenzaldeide interrompe la sua attività di legame al DNA. L'acido aurintricarbossilico si distingue perché inibisce l'interazione tra gli acidi nucleici e ZNF202, impedendo così alla proteina di legarsi alle sequenze di DNA bersaglio. Anche l'inibizione da parte del cliochinolo e dello zinco piritione è attribuita alla loro capacità di chelare lo zinco, ma con ulteriori implicazioni sull'omeostasi dello zinco, che può influenzare la competenza strutturale dei domini zinc finger di ZNF202. Infine, l'ossido di fenilarsina si lega ai tioli vicinali, perturbando probabilmente la coordinazione tiolata dello zinco all'interno delle dita di zinco di ZNF202, con conseguente inibizione funzionale.
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