La ciclosporina A, inibendo la calcineurina, influisce sulla segnalazione del calcio, che è fondamentale per numerose proteine transmembrana. La rapamicina, mirando alla via mTOR, ha implicazioni per i processi di crescita cellulare e di autofagia che le proteine transmembrana possono regolare o a cui partecipano. La staurosporina, con il suo ampio profilo di inibizione delle chinasi, può alterare il panorama della fosforilazione all'interno della cellula, influenzando le proteine coinvolte nella trasduzione del segnale. La brefeldina A altera il traffico proteico inibendo i fattori di ADP-ribosilazione, influenzando potenzialmente la localizzazione subcellulare e quindi la funzione delle proteine transmembrana. U73122, modulando l'attività della fosfolipasi C, influenza le cascate di segnalazione che possono estendersi all'attività delle proteine transmembrana. PD98059, che interferisce con MEK nella via MAPK/ERK, potrebbe alterare le vie di segnalazione di cui fanno parte proteine transmembrana come TMEM141, influenzandone l'espressione o la funzione.
L'inibizione di PI3K da parte di LY294002 ha effetti a valle che possono influenzare le vie di segnalazione che coinvolgono le proteine transmembrana. Gö6976 agisce sulla proteina chinasi C, che è nota per fosforilare una serie di proteine e potrebbe modificare di conseguenza le funzioni delle proteine transmembrana. NF449 ha come bersaglio la subunità Gs-alfa delle proteine G, alterando potenzialmente le vie di segnalazione mediate da GPCR con cui le proteine transmembrana potrebbero impegnarsi. Y-27632, in quanto inibitore di ROCK, influenzerebbe il citoscheletro e forse gli aspetti meccanici della funzione delle proteine transmembrana. Il 2-APB modula l'ingresso del calcio in circolo, un processo critico per l'omeostasi del calcio che potrebbe essere rilevante per la funzione delle proteine transmembrana sensibili al calcio. Infine, la tunicamicina, inibendo la glicosilazione N-linked, potrebbe influenzare la stabilità e la funzione delle proteine di transmembrana glicosilate.
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