Le SH2D3A utilizzano diversi meccanismi molecolari per modulare l'attività di questa proteina. La fosfatidilserina, ad esempio, interagisce direttamente con il dominio SH2 di SH2D3A, una regione nota per la sua affinità con i residui di fosfotirosina. Legandosi a questo dominio, la fosfatidilserina aumenta l'attività di SH2D3A. L'inibitore della chinasi Src-1, invece, agisce indirettamente inibendo le chinasi della famiglia Src. Queste chinasi fosforilano tipicamente una varietà di substrati; quando sono inibite, permettono a SH2D3A di impegnarsi più liberamente con i suoi substrati fosforilati preferiti, amplificando così la sua attività. Analogamente, il fattore di crescita epidermico (EGF) innesca vie di segnalazione della tirosin-chinasi recettoriale, che portano alla fosforilazione delle proteine bersaglio che SH2D3A riconosce, potenziando così la sua attività. L'insulina ottiene un effetto analogo attraverso la sua via di segnalazione recettoriale, che porta all'attivazione di SH2D3A promuovendo la fosforilazione della tirosina dei substrati del recettore dell'insulina.
Il fattore di crescita di derivazione piastrinica BB (PDGF-BB), che induce la fosforilazione tirosinica di proteine associate che interagiscono poi con SH2D3A. Anche l'acido zoledronico, pur essendo distinto nel suo meccanismo, contribuisce all'attivazione di SH2D3A inibendo la farnesil pirofosfato sintasi, causando un accumulo di isopentenil pirofosfato, un potenziale donatore di fosfato per le chinasi che hanno come bersaglio i substrati di SH2D3A. Il perossido di idrogeno rappresenta un approccio più ossidativo, modificando i residui di cisteina delle proteine e influenzando così l'attività regolatoria delle chinasi e delle fosfatasi collegate a SH2D3A. Gli inibitori delle fosfatasi, come la Calicolina A e l'Acido Okadaico, portano a un aumento dei livelli di fosforilazione delle proteine associate a SH2D3A, inibendo rispettivamente PP1 e PP2A. La forskolina attiva SH2D3A aumentando i livelli di cAMP, che a loro volta attivano la PKA e i successivi eventi di fosforilazione che promuovono l'interazione con SH2D3A. Infine, l'acido retinoico e il LY294002 attivano SH2D3A modulando la differenziazione cellulare e l'attività della PI3-chinasi, rispettivamente, alterando l'equilibrio delle chinasi e delle fosfatasi che, in ultima analisi, determinano lo stato di fosforilazione delle proteine interagenti con SH2D3A.
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