Gli inibitori chimici di PHF3 comprendono una serie di composti diversi che mirano a varie vie e processi biologici per ottenere l'inibizione funzionale della proteina. L'acido okadaico, ad esempio, mantiene PHF3 in uno stato iperfosforilato inibendo le fosfatasi proteiche PP1 e PP2A, che normalmente de-fosforilano PHF3. Questa iperfosforilazione può ostacolare i ruoli funzionali di PHF3. Analogamente, MG-132 agisce inibendo la via del proteasoma, impedendo la degradazione delle proteine ubiquitinate, portando potenzialmente a un accumulo di proteine mal ripiegate che sequestrano PHF3 in complessi non funzionali. La tricostatina A e il SAHA (Vorinostat), entrambi inibitori delle HDAC, aumentano l'acetilazione degli istoni, il che può interrompere l'interazione di PHF3 con la cromatina, poiché tali interazioni dipendono spesso dallo stato di acetilazione degli istoni.
Inoltre, la 5-azacitidina e la mitramicina A possono interferire con le funzioni di PHF3 associate alla cromatina, alterando rispettivamente i modelli di metilazione del DNA e il legame al DNA, imponendo così vincoli sterici o allosterici sulla capacità di PHF3 di modulare l'espressione genica. L'alfa-amenitina inibisce direttamente la RNA polimerasi II, influenzando il panorama trascrizionale in cui opera PHF3. Composti come I-CBP112 e JQ1, che hanno come bersaglio le proteine bromodominio BET, possono influenzare indirettamente le reti trascrizionali che coinvolgono PHF3, portando a una riduzione delle funzioni regolatorie di PHF3. Il pladienolide B, inibendo lo spliceosoma, interrompe i processi di splicing dell'RNA in cui è coinvolto PHF3, mentre l'inibizione di Chk1 da parte di PF-477736 può influenzare ampiamente i processi regolati dal ciclo cellulare che coinvolgono PHF3. Infine, UNC0638 ha come bersaglio le istone metiltransferasi G9a e GLP, alterando la metilazione degli istoni e potenzialmente interrompendo le interazioni di PHF3 con questi marcatori epigenetici, che possono inibire le attività di PHF3 legate alla cromatina.
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