L'attivazione di PCDHB13 è facilitata da una serie di composti chimici che modulano varie vie di segnalazione, portando a un aumento della sua attività funzionale. I composti che aumentano i livelli intracellulari di AMP ciclico (cAMP) lo fanno stimolando direttamente l'enzima adenilil ciclasi o inibendo l'azione delle fosfodiesterasi, responsabili della degradazione del cAMP. Gli elevati livelli di cAMP attivano la protein chinasi A e altre proteine cAMP-dipendenti, amplificando le cascate di segnalazione che, in ultima analisi, potenziano l'attività di PCDHB13. Inoltre, alcuni composti imitano l'azione del cAMP attivando direttamente queste vie, aggirando la necessità della sintesi di cAMP mediata dai recettori. Anche gli agonisti dei recettori adrenergici svolgono un ruolo in questa regolazione; legandosi a questi recettori, innescano la produzione di cAMP, potenziando ulteriormente le vie di segnalazione che portano all'attivazione di PCDHB13.
Inoltre, l'attività di PCDHB13 può essere modulata da composti che influenzano i livelli di calcio intracellulare. Gli ionofori di calcio, ad esempio, aumentano direttamente la concentrazione citosolica di calcio, un secondo messaggero critico che può attivare le vie di segnalazione calcio-dipendenti legate a PCDHB13. Anche gli agonisti dei canali del calcio di tipo L contribuiscono a questo effetto facilitando l'afflusso di calcio. Analogamente, l'attivazione di alcuni canali del potenziale recettore transiente (TRP) da parte di agonisti specifici porta all'ingresso di calcio nella cellula, che successivamente attiva PCDHB13.
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