Gli inibitori chimici di NDST4 funzionano attraverso vari meccanismi per ostacolare la sua attività sulfotransferasica. La suramina agisce ostacolando i recettori dei fattori di crescita e le attività enzimatiche cruciali per i processi di solfatazione catalizzati da NDST4. Quando i recettori dei fattori di crescita sono inibiti, l'attività sulfotransferasica di NDST4 è compromessa, con conseguente diminuzione della sua produzione funzionale. Il clorato agisce come competitore dell'assorbimento del solfato, limitando così la disponibilità del donatore di solfato PAPS, essenziale per l'attività di NDST4; questa inibizione competitiva porta a una riduzione della capacità di solfatazione dell'enzima. Il metiltiouracile, attraverso la sua azione sulla sintesi degli ormoni tiroidei, può portare a una diminuzione della capacità di solfatazione sistemica, che a sua volta può limitare la disponibilità di pool di solfato per l'attività di NDST4. Il bisfenolo A può disturbare l'attività sulfotransferasica legandosi direttamente al sito attivo degli enzimi sulfotransferasici, portando potenzialmente a un'interferenza diretta con il processo catalitico di NDST4.
Oltre a questi inibitori, composti come la quercetina e il triclosan esercitano i loro effetti inibitori competendo con il PAPS o alterando la struttura dell'enzima, rispettivamente, impedendo così la funzione enzimatica di NDST4. Anche l'acido ellagico e il pentaclorofenolo sono noti per legarsi al sito attivo o alle regioni critiche dell'enzima, determinando una diminuzione dell'attività sulfotransferasica di NDST4. Analogamente, la clorpromazina e la desipramina possono inibire l'NDST4 modificando la conformazione dell'enzima o interagendo con il suo sito attivo. Il miconazolo, anche se è noto principalmente come inibitore degli enzimi del citocromo P450, ha dimostrato di inibire gli enzimi sulfotransferasi, compreso l'NDST4, interagendo con il sito attivo dell'enzima. Infine, il ketoconazolo, attraverso l'inibizione degli enzimi del citocromo P450, può influenzare indirettamente i processi di solfatazione, influenzando così l'attività di NDST4. L'azione collettiva di questi inibitori porta a una sostanziale riduzione della capacità di NDST4 di trasferire gruppi solfato ai suoi substrati.