La tetraciclina e il suo derivato, la doxiciclina, sono noti per legarsi alle subunità ribosomiali, ostacolando l'attaccamento dell'aminoacil-tRNA al complesso mRNA-ribosoma, che a sua volta ostacolerebbe la funzione di MRP-L35 come parte di questo complesso. Il cloramfenicolo esercita i suoi effetti legandosi al centro peptidil-trasferasi del ribosoma mitocondriale, inibendo l'attività enzimatica essenziale per l'allungamento della catena proteica, influenzando così il ruolo di MRP-L35 nella sintesi peptidica. Analogamente, il linezolid si lega all'RNA ribosomiale del ribosoma batterico, che è simile al ribosoma mitocondriale per via delle origini evolutive condivise, inibendo così l'inizio della traduzione. Questo legame può impedire il corretto funzionamento di MRP-L35 interrompendo la formazione del complesso di iniziazione. Gli antibiotici macrolidi, come l'eritromicina e la roxitromicina, si legano al tunnel di uscita dei ribosomi e possono causare un blocco che impedisce l'allungamento della catena proteica nascente, implicando un ruolo di inibizione di MRP-L35 grazie alla sua vicinanza al tunnel.
Gli antibiotici lincosamidici come la clindamicina si attaccano alla subunità 50S del ribosoma, interferendo con la reazione di transpeptidazione, una fase necessaria per l'allungamento delle proteine a cui MRP-L35 è probabilmente associato. La rifampicina, pur essendo tradizionalmente mirata alla RNA polimerasi batterica, può influenzare la sintesi dell'RNA mitocondriale a causa di somiglianze strutturali, influenzando così il coinvolgimento di MRP-L35 nella sintesi proteica. L'actinonina, un antibiotico peptidico, ostacola la peptidil deformilasi, un enzima coinvolto nella preparazione dei peptidi appena sintetizzati per le successive fasi di traduzione, che sarebbe fondamentale per la partecipazione funzionale di MRP-L35 a questi processi. La puromicina causa la terminazione prematura della catena imitando l'aminoacil-tRNA, il che porterebbe a proteine incomplete e interromperebbe il normale ruolo di MRP-L35 nella sintesi proteica. Infine, la zidovudina, un analogo nucleosidico, viene incorporata nel DNA mitocondriale, causando potenzialmente tossicità e disfunzione mitocondriale, che può avere effetti a valle sulla sintesi proteica mitocondriale e quindi sulla funzione di MRP-L35.
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