La forskolina agisce come catalizzatore dell'adenilato ciclasi, amplificando così i livelli di cAMP, che a sua volta può attivare le proteine che rispondono a questo messaggero. Il PMA attiva la protein chinasi C, un enzima con un'ampia gamma di substrati proteici, potenzialmente in grado di influenzare i meccanismi di regolazione dipendenti dalla fosforilazione. Gli ionofori del calcio, come la ionomicina, offrono una via per aumentare il calcio intracellulare, uno ione fondamentale in numerose cascate di segnalazione, con possibile impatto sulle proteine che legano il calcio.
La rapamicina, un noto inibitore di mTOR, stimola i processi autofagici che potrebbero influenzare le proteine degradate o riciclate in questa via. Inibitori come SB203580, LY294002, U0126 e SP600125 colpiscono selettivamente le chinasi chiave delle vie di segnalazione MAPK, PI3K/Akt, MEK e JNK, rispettivamente, alterando lo stato di fosforilazione e la conseguente attività di proteine strettamente legate a queste vie. I modulatori epigenetici esercitano la loro influenza sull'espressione genica; la tricostatina A inibisce le istone deacetilasi, mentre la 5-azacitidina ha come bersaglio le DNA metiltransferasi, ognuna delle quali può potenzialmente portare a un'alterazione della trascrizione e all'upregulation di varie proteine. Il resveratrolo e la curcumina coinvolgono le vie della sirtuina e dell'NF-κB, che sono centrali nelle risposte allo stress cellulare e all'infiammazione, modulando così le relative attività proteiche.
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