La forskolina, aumentando i livelli di cAMP, e la ionomicina, aumentando il calcio intracellulare, sono entrambi esempi di attivatori che possono provocare cambiamenti nell'attività delle proteine alterando i livelli di messaggeri secondari. Sostanze come la PMA attivano la PKC, che fosforila un'ampia gamma di proteine bersaglio, regolandone potenzialmente la funzione. L'inibizione dell'ortovanadato di sodio delle fosfatasi proteiche può potenziare la segnalazione della fosforilazione della tirosina, influenzando le proteine regolate da questa modificazione post-traslazionale.
LY294002 e wortmannin, entrambi inibitori di PI3K, insieme alla rapamicina, un inibitore di mTOR, dimostrano come l'interruzione di una via di segnalazione possa avere un impatto indiretto sull'attività delle proteine, impedendo gli eventi di segnalazione a valle. Analogamente, SB203580 e U0126, insieme a PD98059, sono inibitori dei componenti della via MAPK, che possono portare ad alterazioni dell'attività delle proteine regolate da questa via. L'attivazione dell'AMPK da parte dell'AICAR evidenzia il ruolo dello stato metabolico nella regolazione delle funzioni proteiche, indicando come il bilancio energetico all'interno della cellula possa essere un fattore significativo nella modulazione dell'attività proteica. Gli ioni di zinco, come cofattore, sottolineano l'importanza degli ioni metallici nella funzione delle proteine, in quanto sono essenziali per l'attività catalitica di molti enzimi e possono influenzare la conformazione e l'attività di varie proteine.
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