Gli inibitori chimici del cluster istonico 2 H3C1 funzionano interrompendo l'attività enzimatica delle istone deacetilasi (HDAC), responsabili della rimozione dei gruppi acetilici dai residui di lisina delle proteine istoniche. Questi gruppi acetilici svolgono un ruolo chiave nella regolazione della struttura della cromatina e dell'espressione genica. Quando le HDAC sono inibite, i gruppi acetilici rimangono attaccati al cluster istonico 2 H3C1, determinando uno stato di rilassamento della cromatina che è associato a un aumento della trascrizione genica. La tricostatina A, ad esempio, è nota per legarsi direttamente alle HDAC, impedendo così la deacetilazione dell'istone cluster 2 H3C1. Questa inibizione promuove una conformazione cromatinica più aperta, impedendo lo stretto avvolgimento del DNA intorno all'istone, che a sua volta facilita l'attivazione trascrizionale.
Allo stesso modo, composti come Vorinostat, Romidepsin e Belinostat aumentano i livelli di acetilazione dell'istone cluster 2 H3C1, determinando cambiamenti nell'espressione genica. Il Vorinostat, in particolare, è un inibitore HDAC ad ampio spettro che provoca un'iperacetilazione degli istoni, compreso il cluster dell'istone 2 H3C1. Questo stato iperacetilato altera le normali interazioni istone-DNA, influenzando l'accessibilità del macchinario trascrizionale al DNA. Altri composti, come Panobinostat e Mocetinostat, agiscono anch'essi sulle HDAC, ma sono in grado di colpire isoforme specifiche, modulando l'acetilazione in modo più mirato, con un impatto analogo sulla funzione del cluster istonico 2 H3C1. Anche altri inibitori delle HDAC come Entinostat, Givinostat e Chidamide aumentano l'acetilazione del cluster istonico 2 H3C1, alterando di conseguenza la struttura e la funzione della cromatina. Anche gli acidi grassi a catena corta come il butirrato di sodio e altre molecole come l'acido valproico fungono da inibitori delle HDAC, aumentando l'acetilazione dell'istone e influenzando lo stato della cromatina mediato dall'istone cluster 2 H3C1. Questi inibitori chimici mantengono collettivamente l'istone cluster 2 H3C1 in uno stato acetilato, regolando così l'architettura della cromatina e influenzando l'attività trascrizionale associata a questo istone.
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