Gli inibitori chimici della GGT6 possono esercitare i loro effetti inibitori attraverso varie vie e meccanismi biochimici. L'ouabain, ad esempio, interrompe la pompa Na+/K+ ATPasi, provocando uno squilibrio nella composizione ionica cellulare. Questo squilibrio può interferire con l'attività della GGT6, probabilmente a causa dell'alterazione delle concentrazioni di substrato o di prodotto, fondamentali per la funzione dell'enzima. Analogamente, l'Acivicina si lega al sito attivo degli enzimi gamma-glutamiltransferasi, bloccando direttamente la funzione dell'enzima e impedendo così alla GGT6 di trasferire gruppi gamma-glutamilici. Altri inibitori come la L-azaserina e l'azaserina agiscono come antagonisti della glutammina, che è un substrato nelle reazioni enzimatiche che coinvolgono la GGT6. Competendo con la glutammina, questi inibitori riducono la disponibilità dei substrati necessari per l'attività della GGT6, determinandone l'inibizione. Anche il DON, essendo un analogo della glutammina, può legare la GGT6, con conseguente inattività dell'enzima dovuta alla presenza di questo mimico.
Inoltre, il metotrexato, sebbene abbia come bersaglio principale la diidrofolato reduttasi, può influenzare indirettamente la GGT6 causando uno squilibrio nei pool di nucleotidi, che a sua volta potrebbe alterare l'ambiente cellulare e la disponibilità di cofattori essenziali per l'attività della GGT6. La butionina sulfossimina (BSO) ha come bersaglio la gamma-glutamilcisteina sintetasi, impedendo la sintesi del glutatione, un substrato per la GGT6, con conseguente inibizione funzionale della GGT6 a causa della mancata disponibilità del substrato. L'acido etacrinico, pur inibendo le glutatione S-transferasi, può anche ridurre i livelli di glutatione, influenzando indirettamente l'attività della GGT6. Il vigabatrin aumenta i livelli di GABA, che può influenzare la GGT6 alterando il ciclo gamma-glutamilico e la disponibilità di substrato. Il cisplatino, aumentando lo stress cellulare, può portare a un'alterazione del metabolismo del glutatione, influenzando così l'attività della GGT6. La levodopa, in quanto precursore dei neurotrasmettitori, può alterare il metabolismo degli aminoacidi e quindi i livelli di glutammato, il che potrebbe influire sul ruolo della GGT6 nel ciclo gamma-glutamilico. Infine, la clorochina, alterando il pH endosomiale, può influenzare la compartimentazione cellulare, potenzialmente inibendo la GGT6 interrompendone l'accesso ai substrati o la corretta localizzazione all'interno della cellula.
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