Gli inibitori chimici di GAPVD1 possono ostacolare la funzione della proteina attraverso vari meccanismi incentrati sull'interruzione delle vie di segnalazione a monte e dei processi cellulari. Wortmannin e LY294002, ad esempio, sono potenti inibitori delle fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), essenziali per avviare numerose cascate di segnalazione intracellulare. Poiché l'attività di PI3K è un prerequisito per il corretto funzionamento di GAPVD1, in particolare nel traffico vescicolare e nell'endocitosi, l'inibizione da parte di questi composti può portare a una soppressione funzionale di GAPVD1. Analogamente, la 3-metiladenina ha come bersaglio la PI3K di classe III, influenzando l'autofagia, un processo di riciclaggio cellulare a cui partecipa GAPVD1. Inibendo PI3K, la 3-metiladenina interrompe la formazione di autofagosomi, frenando così la funzione autofagica di GAPVD1.
Oltre agli inibitori diretti di PI3K, Spautin-1 e SAR405 svolgono anche un ruolo di inibizione indiretta di GAPVD1. Spautin-1 promuove la degradazione di PI3K, smorzando così la segnalazione della via PI3K/Akt e riducendo indirettamente l'attività di GAPVD1. SAR405 inibisce specificamente Vps34, una PI3K di classe III, direttamente coinvolta nel processo autofagico. Impedendo Vps34, SAR405 può diminuire il flusso autofagico, influenzando di conseguenza la funzione di GAPVD1 nella formazione degli autofagosomi. ZSTK474 e PIK-III, anch'essi diretti contro PI3K, sopprimono le vie di attivazione a valle che coinvolgono GAPVD1, inibendo così il ruolo della proteina nell'endocitosi e nel traffico di vescicole. AS-605240, sebbene influisca principalmente sulla funzione delle cellule immunitarie inibendo PI3Kγ, può influenzare ampiamente le vie correlate a PI3K, comprese quelle che coinvolgono GAPVD1. Analogamente, GSK-872, un inibitore di RIPK3, agendo sulle vie della necroptosi, può influenzare indirettamente le risposte allo stress e i processi cellulari che coinvolgono GAPVD1. PD 0332991, un inibitore di CDK4/6, agisce sulla progressione del ciclo cellulare con effetti ampi che possono alterare l'ambiente cellulare, portando a un'inibizione indiretta del traffico endocitico regolato da GAPVD1. SB203580, agendo su p38 MAPK, altera le vie di risposta allo stress cellulare, che possono modificare il contesto operativo di GAPVD1, potenzialmente inibendone la funzione. Infine, la bafilomicina A1 inibisce la pompa protonica V-ATPasi, cruciale per l'acidificazione delle vescicole, che è un passo essenziale nel traffico di vescicole e nell'autofagia, processi che sono fondamentali per il ruolo funzionale di GAPVD1.