Gli inibitori della GalNAc-TL4 sono una classe di composti che inibiscono direttamente o indirettamente l'attività glicosiltransferasica della GalNAc-TL4. Il benzil-α-GalNAc è un inibitore diretto, che agisce come analogo competitivo del substrato. Esso compete con i substrati naturali per il sito catalitico della GalNAc-TL4, determinando l'inibizione dell'attività dell'enzima nell'iniziare e allungare la glicosilazione O di tipo mucinico. Altri inibitori come l'acarbosio e la swainsonina agiscono indirettamente; l'acarbosio altera il pattern di glicosilazione inibendo l'α-glucosidasi, influenzando così la disponibilità di substrati per la GalNAc-TL4. La swainsonina ha come bersaglio l'α-mannosidasi II, determinando una glicosilazione anomala che può sequestrare la GalNAc-TL4 lontano dai suoi tipici bersagli glicoproteici, inibendo così indirettamente la sua funzione.
Composti come la tunicamicina, la castanospermina, la deossinojirimicina e la deossimannojirimicina possono interrompere le vie di elaborazione della glicosilazione, determinando una riduzione del pool di glicoproteine correttamente ripiegate su cui GalNAc-TL4 può agire. La tunicamicina, ad esempio, inibisce la glicosilazione N-linked bloccando il trasferimento della N-acetilglucosammina (GlcNAc) al fosfato di dolicholo, che è una fase iniziale essenziale nella sintesi delle glicoproteine. Di conseguenza, l'inibizione della glicosilazione N-linked può portare a una diminuzione complessiva dei substrati glicoproteici necessari per l'attività di GalNAc-TL4.
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