È noto che la ciclosporina A e l'FK506 legano le immunofiline, tra cui la FKBP15, e che il loro legame attiva l'attività di peptidil-prolil isomerasi intrinseca a queste proteine. Nel caso della Rapamicina, essa forma un complesso con le proteine FKBP e ha dimostrato di influenzare la via di segnalazione mTOR, un regolatore centrale della crescita e del metabolismo cellulare, in cui FKBP15 può essere coinvolta. Analogamente, il pimecrolimus, interagendo con le proteine FKBP, potrebbe potenziare l'attività di FKBP15 nella segnalazione cellulare.
Composti come l'1-idrossipiridina-2-tione sale di zinco e la Ionomicina possono influenzare la FKBP15 alterando l'omeostasi degli ioni metallici e del calcio, rispettivamente. I cambiamenti nelle concentrazioni di ioni metallici o nel flusso di calcio all'interno della cellula possono avere effetti ad ampio raggio su numerose vie di segnalazione e l'attività di FKBP15 potrebbe essere modulata di conseguenza. L'adenosina 3',5'-monofosfato ciclico e l'8-bromo-cAMP sono analoghi del cAMP che possono attivare la PKA, la quale può fosforilare i substrati e alterare le vie di segnalazione, potenzialmente influenzando i ruoli regolatori di FKBP15. Anche la forskolina, aumentando i livelli di cAMP, ha come bersaglio la stessa serie di vie di segnalazione, che potrebbero portare a cambiamenti nell'attività di FKBP15. La tapsigargina, interrompendo l'immagazzinamento del calcio, influenza le vie di segnalazione calcio-dipendenti, che potrebbero avere implicazioni per la funzione di FKBP15 all'interno della cellula. LY294002 e PD98059 hanno come bersaglio rispettivamente le vie PI3K/Akt e MAPK/ERK e, alterando gli stati di fosforilazione all'interno di queste vie, potrebbero modificare l'attività di FKBP15.
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