Gli inibitori di FASTKD3 sono progettati principalmente per intervenire nei processi mitocondriali, data l'associazione di FASTKD3 con il metabolismo dell'RNA mitocondriale. Il Rotenone, l'Antimicina A e l'Oligomicina sono rappresentanti di composti che inibiscono direttamente complessi specifici all'interno della catena mitocondriale di trasporto degli elettroni. La loro azione inibitoria può causare un effetto a cascata sul metabolismo mitocondriale, che a sua volta può influenzare la funzione e il ruolo di FASTKD3 all'interno della cellula.
D'altra parte, alcuni composti, come il cloramfenicolo e l'actinonina, si concentrano sulla sintesi e sulla maturazione delle proteine mitocondriali. Il meccanismo del cloramfenicolo consiste nell'inibizione della sintesi proteica mitocondriale, che può influenzare indirettamente il ruolo del metabolismo dell'RNA mitocondriale di FASTKD3. L'actinonina interferisce con la maturazione delle proteine, il che può avere un effetto anche sulla funzione di FASTKD3.
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