Gli inibitori del gatto CPN possono essere associati principalmente a composti che disturbano la funzione degli enzimi coinvolti nell'elaborazione, nella replicazione e nella riparazione del DNA. Tra questi, i principali sono gli antibiotici chinolonici come la ciprofloxacina, l'enossacina e la lomefloxacina, che hanno come bersaglio la DNA girasi batterica e la topoisomerasi IV, fondamentali per la replicazione e la riparazione del DNA. L'inibizione di questi enzimi provoca un blocco della replicazione del DNA, che può portare alla morte della cellula batterica.
Oltre ai chinoloni, diversi composti, tra cui ICRF-193, Merbarone e Aclacinomicina A, si concentrano sulla topoisomerasi II, un enzima fondamentale nella replicazione, riparazione e segregazione del DNA. Legandosi a questo enzima e inibendolo, questi composti possono indurre rotture del DNA, arrestando così la replicazione e altri processi del DNA. Ad esempio, la doxorubicina, un noto agente intercalante, si integra nel DNA e inibisce anche la topoisomerasi II, provocando rotture del doppio filamento. Nel complesso, questi inibitori di CPN cat offrono una robusta serie di strumenti per colpire e inibire i processi legati al DNA, in particolare la ricombinazione e la segregazione, centrali per la funzione della proteina CPN cat.
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