L'inibizione di mTOR da parte di sirolimus può portare a un'alterazione della sintesi e della degradazione delle proteine, con un impatto su proteine come CCDC16 se fa parte di questi processi cellulari. Gli inibitori di CDK4/6, come PD0332991, possono arrestare il ciclo cellulare, il che potrebbe influenzare l'espressione di proteine come CCDC16 che potrebbero essere regolate durante la divisione cellulare. SB431542 e LY294002 possono modulare le vie di segnalazione TGF-β e PI3K/Akt, rispettivamente, influenzando un'ampia gamma di proteine, tra cui probabilmente CCDC16, a seconda del contesto funzionale. SP600125 e Y-27632 hanno come bersaglio le chinasi JNK e ROCK, coinvolte nella risposta allo stress e nell'organizzazione citoscheletrica, vie in cui CCDC16 potrebbe svolgere un ruolo.
Gli inibitori del proteasoma come MG132 agiscono direttamente sulla degradazione delle proteine, alterando potenzialmente il turnover di CCDC16. IWR-1, ZM447439 e Nutlin-3 sono inibitori che colpiscono rispettivamente la via Wnt, la divisione cellulare e l'interazione p53-MDM2, tutti processi cruciali che potrebbero coinvolgere CCDC16 in vari contesti. Inoltre, i modificatori epigenetici come la 5-azacitidina e il Vorinostat possono portare ad ampi cambiamenti nei modelli di espressione genica, potenzialmente inclusi quelli di CCDC16.
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