Composti come Wortmannin e LY294002 sono noti per inibire la PI3K, una chinasi che svolge un ruolo fondamentale nella crescita e nella sopravvivenza delle cellule. Inibendo questa chinasi, questi composti possono modulare la funzione delle proteine regolate dalla via PI3K/Akt. PD98059 e U0126, che hanno come bersaglio specifico MEK1/2 all'interno della via MAPK/ERK, possono alterare l'attività delle proteine che fanno parte di questa cascata di segnalazione, una via critica per la proliferazione e la differenziazione cellulare. Inoltre, inibitori come SB203580 e SP600125 hanno come bersaglio chinasi che rispondono allo stress come p38 MAPK e JNK, rispettivamente. Questi enzimi sono coinvolti nella risposta cellulare allo stress e all'apoptosi e la loro inibizione può influenzare le proteine associate a queste vie. Composti come la rapamicina, che inibisce mTOR, possono interrompere processi come la sintesi proteica e l'autofagia, influenzando le proteine regolate dalla segnalazione di mTOR.
Tra gli inibitori che mirano a funzioni cellulari fondamentali vi sono la brefeldina A, la tunicamicina e la tapsigargina. La brefeldina A interrompe il trasporto da ER a Golgi, colpendo le proteine coinvolte nel traffico vescicolare. La tunicamicina blocca la glicosilazione N-linked, alterando la stabilità e la funzione delle proteine glicosilate. La tapsigargina inibisce la pompa SERCA, alterando l'omeostasi del calcio e influenzando le proteine associate alla segnalazione del calcio. La ciclosporina A, inibendo la calcineurina, può alterare la funzione delle proteine coinvolte nell'attivazione delle cellule T e in altri meccanismi di segnalazione, mentre il 2-Deossi-D-glucosio, inibendo la glicolisi, può influenzare le proteine coinvolte nella regolazione metabolica.
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