Il regno degli attivatori di C17orf59 dipende in gran parte dall'intricato gioco dei processi cellulari che circondano gli endosomi e i lisosomi. La clorochina, nota per modulare il pH lisosomiale, e la bafilomicina A1, un inibitore specifico della H+-ATPasi di tipo vacuolare, possono entrambe creare effetti a catena nella funzionalità lisosomiale, influenzando così i processi associati a BORCS6. Data l'associazione di BORCS6 con questi organelli, sostanze chimiche come U18666A, che interrompono il trasporto intracellulare del colesterolo, possono gettare ombre indirette sull'attività di BORCS6.
L'endocitosi e il traffico vescicolare svolgono un ruolo centrale nei percorsi a cui BORCS6 è associato. Ciò pone sotto i riflettori agenti come Wortmannin, Dynasore ed EIPA, che hanno come bersaglio vari componenti dei processi endocitici. L'influenza che questi composti esercitano sull'endocitosi e sul movimento vescicolare crea un ambiente favorevole alla modulazione dell'attività di BORCS6. Analogamente, la genisteina e il LY294002, inibendo specifiche chinasi cellulari, modellano il paesaggio endocitico, guidando indirettamente i processi di BORCS6.
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