Gli inibitori chimici di C12orf43 possono interferire con la sua funzione attraverso varie vie biochimiche. Wortmannin e LY294002 sono entrambi inibitori della fosfoinositide 3-chinasi (PI3K), una famiglia di enzimi coinvolti in funzioni cellulari quali crescita, proliferazione, differenziazione, motilità e sopravvivenza. Inibendo la PI3K, queste sostanze chimiche possono interrompere la via PI3K/AKT, implicata in una moltitudine di processi cellulari. Questa interruzione potrebbe portare all'inibizione funzionale di C12orf43 se è regolato o dipendente da segnali provenienti da questa via. Un altro inibitore ad ampio spettro, la staurosporina, ha come bersaglio un'ampia gamma di chinasi, che potrebbero includere quelle che fosforilano C12orf43 o ne regolano l'attività, portando a una diminuzione della sua attività funzionale. Analogamente, l'inibizione della via mTOR da parte della rapamicina potrebbe determinare una diminuzione dell'attività di C12orf43, influenzando i processi a valle da essa regolati.
Più in basso nella cascata di segnalazione, SB203580 e U0126 colpiscono la via MAPK in punti diversi: SB203580 inibisce p38 MAPK, mentre U0126 inibisce MEK1/2, due chinasi a monte di ERK. Questo potrebbe portare a una riduzione della segnalazione alle proteine che interagiscono con C12orf43, inibendo così la sua funzione. PD98059, un altro inibitore di MEK, può interrompere in modo simile la via MAPK/ERK e provocare l'inibizione di C12orf43 interferendo con i processi di segnalazione in cui è coinvolto. SP600125, che inibisce JNK, può diminuire la fosforilazione di fattori di trascrizione potenzialmente coinvolti nella regolazione di geni che interagiscono con C12orf43, portando alla sua inibizione. PP2, un inibitore delle chinasi della famiglia Src, può ridurre l'attività delle vie di segnalazione a valle che coinvolgono C12orf43, portando così a una riduzione della sua attività. Dasatinib e Sorafenib, inibendo rispettivamente le chinasi della famiglia Bcr-Abl e Src e le chinasi tirosiniche recettoriali multiple, possono determinare l'inibizione di C12orf43 impedendo la fosforilazione dei substrati che ne regolano la funzione. Infine, Sunitinib, con la sua attività inibitoria multi-target delle tirosin-chinasi recettoriali, può interrompere le vie di segnalazione che coinvolgono C12orf43, portando all'inibizione delle attività funzionali della proteina all'interno della cellula.
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