PPPDE2 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-406172

Panoramica

PPPDE2 (annotato anche come DESI1) codifica una proteasi/deubiquitinasi “simile” dipendente dalla cisteina, implicata nella regolazione post-traduzionale della stabilità proteica e della segnalazione cellulare. Tra le attività riportate figurano la deSUMOilazione o la processazione di modificatori ubiquitina-simili, collegando PPPDE2 alla proteostasi, alle risposte allo stress e al controllo dinamico della funzione delle proteine nucleari e citosoliche. Attraverso questi meccanismi, PPPDE2 può influenzare vie che regolano la progressione del ciclo cellulare, l’apoptosi e programmi trascrizionali che dipendono da modificazioni proteiche reversibili. Un’espressione alterata o una deregolazione del turnover dei modificatori è stata associata a fenotipi cellulari rilevanti per la biologia del cancro e per processi neurodegenerativi, a supporto del suo studio in sistemi modello pertinenti alla malattia.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO PPPDE2 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DESI1 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DESI1 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DESI1 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina PPPDE2.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DESI1 per lo studio della segnalazione di PPPDE2, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DESI1 critici per la funzione di PPPDE2
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DESI1 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal PPPDE2 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal PPPDE2 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DESI1. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal PPPDE2 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR PPPDE2 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DESI1 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DESI1 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.