MBD3 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-401072

Panoramica

MBD3 codifica la proteina 3 del dominio di legame al metil-CpG, un componente centrale del complesso NuRD (nucleosome remodeling and deacetylase), che collega il rimodellamento della cromatina dipendente da ATP alla deacetilazione degli istoni per regolare i programmi trascrizionali. A differenza di alcuni membri della famiglia MBD, MBD3 mostra una limitata affinità per il DNA CpG metilato, ma è essenziale per indirizzare NuRD verso specifici loci genomici tramite interazioni proteina–proteina e in funzione del contesto cromatinico. Attraverso NuRD, MBD3 contribuisce al controllo delle decisioni sul destino cellulare, delle risposte al danno al DNA e al mantenimento di stati della cromatina che influenzano proliferazione e differenziamento. La deregolazione del controllo epigenetico associato a MBD3/NuRD è stata implicata in reti trascrizionali anomale osservate nel cancro e in un’alterata regolazione dei geni dello sviluppo, rilevante per studi di neuro-sviluppo e di biologia delle cellule staminali.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO MBD3 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene MBD3 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del MBD3 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto MBD3 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina MBD3.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di MBD3 per lo studio della segnalazione di MBD3, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni MBD3 critici per la funzione di MBD3
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di MBD3 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal MBD3 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal MBD3 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus MBD3. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal MBD3 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR MBD3 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia MBD3 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio MBD3 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.