DDX23 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-407132

Panoramica

DDX23 codifica una RNA elicasi della famiglia DEAD-box che funge da componente centrale dello snRNP U5 all’interno dello spliceosoma, dove contribuisce a rimodellare i complessi RNA-proteina per supportare lo splicing del pre-mRNA. Regolando il riconoscimento dei siti di splicing e la dinamica dello spliceosoma, DDX23 influenza la maturazione dei trascritti, l’equilibrio tra isoforme e i programmi di espressione genica a valle legati alla progressione del ciclo cellulare e alle risposte allo stress. La perturbazione delle elicasi associate allo spliceosoma può modificare i pattern di splicing alternativo e la fedeltà della processazione dell’RNA, processi spesso implicati nel riassetto trascrizionale oncogenico e nell’instabilità genomica. Di conseguenza, DDX23 è comunemente studiato nel contesto del metabolismo dell’RNA, della proteostasi e delle vie che collegano lo splicing alla segnalazione del danno al DNA.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO DDX23 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DDX23 in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DDX23 insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DDX23 a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina DDX23.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DDX23 per lo studio della segnalazione di DDX23, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DDX23 critici per la funzione di DDX23
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DDX23 per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal DDX23 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal DDX23 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DDX23. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal DDX23 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR DDX23 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DDX23 per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DDX23 definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.