BAT1 Plasmide KO CRISPR/Cas9 (h): sc-403785

Panoramica

DDX39B codifica BAT1 (nota anche come UAP56), un’elicasi dell’RNA della famiglia DEAD-box conservata, che favorisce il rimodellamento ATP-dipendente dei complessi RNA–proteina durante lo splicing del pre‑mRNA e l’esportazione dell’mRNA. BAT1 opera insieme al macchinario TREX/di esportazione per accoppiare trascrizione, dinamica dello spliceosoma ed esportazione nucleare, contribuendo così a modellare i programmi di espressione genica e il controllo qualità dell’RNA. Attraverso questi ruoli, l’attività di DDX39B influenza la proliferazione cellulare, le risposte allo stress e la segnalazione immunitaria innata legata al processamento dell’RNA. Un’alterata regolazione delle elicasi dell’RNA e della biogenesi degli mRNP è frequentemente associata a stati trascrizionali oncogenici e a fenotipi infiammatori, rendendo BAT1 un bersaglio utile per studi meccanicistici del metabolismo dell’RNA in modelli rilevanti per la malattia.

Il plasmide CRISPR/Cas9 KO BAT1 (h) è un pool di plasmidi progettato per la distruzione mirata del gene DDX39B in linee cellulari human. Ciascun plasmide co-esprime un singolo RNA guida (sgRNA) unico che prende di mira un sito distinto all'interno del DDX39B insieme alla nucleasi Cas9 di Streptococcus pyogenes. I plasmidi codificano anche per la GFP, consentendo l'identificazione fluorescente e l'arricchimento delle cellule trasfettate con successo tramite microscopia a fluorescenza o citometria a flusso.

Il design multi-guida aumenta la probabilità di generare inserzioni o delezioni (indels) che interrompono il frame di lettura aperto DDX39B a seguito della formazione di rotture a doppio filamento mediate da Cas9. Le rotture del DNA introdotte dal sistema CRISPR/Cas9 vengono riparate attraverso vie endogene di giunzione non omologa (NHEJ), che spesso provocano mutazioni con spostamento del frame che annullano l'espressione della proteina BAT1.

Questo sistema di knockout CRISPR consente la generazione efficiente di modelli cellulari carenti di DDX39B per lo studio della segnalazione di BAT1, studi di genomica funzionale, ricerca sulla biologia del cancro e valutazione delle risposte terapeutiche in linee cellulari umane.

Caratteristiche principali

• sgRNA mirati agli esoni DDX39B critici per la funzione di BAT1
  Co-espressione di SpCas9 e sgRNA da un singolo plasmide per una somministrazione semplificata
  Reporter GFP per l'identificazione delle cellule trasfettate
  Pool di plasmidi mirati a più siti genomici di DDX39B per migliorare l'efficienza del knockout
  Compatibile con la somministrazione tramite trasfezione

Varianti di progettazione

CRISPR +/- HDR

• Gli gRNA codificati dal BAT1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h) e dal BAT1 CRISPR/Cas9 KO Plasmid (h2) prendono di mira siti distinti all'interno del locus DDX39B. Potrebbe essere disponibile uno o entrambi i design di targeting. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.
  I costrutti donatori HDR codificati dal BAT1 Plasmide HDR (h) e il plasmide HDR BAT1 (h2) contengono una cassetta di resistenza alla puromicina e un reporter RFP affiancato da bracci di omologia DDX39B per supportare la riparazione diretta dall'omologia in siti bersaglio DDX39B definiti corrispondenti ai disegni CRISPR/Cas9 KO. La disponibilità dei donatori HDR può variare. Vedere Prodotti correlati per la disponibilità.

Solo per uso di ricerca. Non destinato a uso diagnostico o terapeutico.