Chemische Inhibitoren von Peroxin 19 können über verschiedene Mechanismen wirken, die letztlich die Rolle des Proteins bei der peroxisomalen Biogenese stören und insbesondere seinen Lipidierungsprozess und die Membranassoziation beeinträchtigen. Triacsin C, das auf die langkettige Acyl-CoA-Synthetase abzielt, führt zu einem Mangel an Acyl-CoAs, die für die Lipidierung von Peroxin 19 entscheidend sind. Cerulenin und C75, beides Inhibitoren der Fettsäuresynthase, verringern die Verfügbarkeit von Fettsäuren für die Acyl-CoA-Produktion, die eine Voraussetzung für die funktionelle Lipidmodifikation von Peroxin 19 ist. In ähnlicher Weise führen Perhexilin und Etomoxir, die die Carnitin-Palmitoyltransferase 1 hemmen, zu einer verringerten Fettsäureoxidation. Dies schränkt die Produktion von Acyl-CoAs ein und beeinträchtigt damit die für die Funktion von Peroxin 19 erforderliche Lipidierung. Malonyl-CoA wirkt als natürliches Hemmsubstrat für CPT1 und kann auf Werte ansteigen, die zu einem Rückgang der Acyl-CoA-Pools führen, wodurch der für die Funktion von Peroxin 19 zentrale Lipidierungsprozess weiter gehemmt wird.
Außerdem hemmt 2-Bromopalmitat direkt den Fettsäurestoffwechsel, der für die Acyl-CoA-Synthese und die anschließende Lipidierung von Peroxin 19 entscheidend ist. Tunicamycin wirkt sich zwar nicht direkt auf Peroxin 19 aus, löst aber ER-Stress aus, der sich kaskadenartig auf den zellulären Proteinverkehr auswirken kann und damit indirekt die peroxisomale Proteinimportfunktion von Peroxin 19 behindert. Brefeldin A stört die Funktion des Golgi-Apparats, und Monensin verändert den lysosomalen und den Golgi-pH-Gradienten; beides sind Prozesse, die sich indirekt auf den Transport und die Funktion von Peroxin 19 auswirken können. Trifluoperazin kann durch seinen Calmodulin-Antagonismus in Kalzium-Signalwege eingreifen, die nachgelagerte Auswirkungen auf die Rolle von Peroxin 19 in der Membrandynamik haben. Schließlich kann WY-14643 als PPAR-alpha-Agonist den Lipidstoffwechsel verändern, was zu Veränderungen der Lipidspezies und -mengen führt, die für die optimale Funktion von Peroxin 19 erforderlich sind, und damit indirekt die Aktivität des Proteins beim peroxisomalen Proteinimport hemmen.
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