ZNF354B阻害剤は、この転写因子の機能的活性を低下させるために、様々なシグナル伝達経路や分子機構をまとめて標的とする。キナーゼ活性を阻害する化合物、例えばMAPK/ERK経路やPI3K/ACT経路に作用する化合物は、ZNF354Bの上流制御因子や必須補因子として機能しうるタンパク質のリン酸化状態を変化させることにより、ZNF354Bの調節において極めて重要な役割を果たす。同様に、ストレス活性化p38 MAPKおよびJNK経路に作用する阻害剤、あるいはAktを標的とする阻害剤は、転写の状況を変化させ、遺伝子発現におけるZNF354Bの役割を間接的に抑制する可能性がある。これらのキナーゼ阻害剤は、特定のシグナル伝達カスケードに介入することで、ZNF354Bの転写活性化の可能性を低下させる環境を作り出す。HDAC阻害剤のようなクロマチン構造を調節する物質もまた、標的遺伝子プロモーターの転写因子へのアクセシビリティを変化させることによって、ZNF354Bの制御に寄与する。これは、ZNF354Bによって通常活性化される遺伝子のダウンレギュレーションにつながる可能性があり、エピジェネティック修飾因子と転写因子活性の間の複雑な相互作用をさらに示している。
ZNF354Bへの影響を続けると、ZNF354BのDNA結合部位へのリクルートメントに必要なタンパク質間相互作用を阻害する低分子化合物も、遺伝子発現に対するZNF354Bの調節作用を効果的に弱めることができる。これらの相互作用が阻害されると、ZNF354Bの標的部位における転写装置の組み立てが損なわれ、その結果、ZNF354Bの機能が減弱する。さらに、カルシウムチャネルブロッカーやGタンパク質共役型受容体の阻害剤のような細胞内シグナル伝達の調節因子も、ZNF354Bが遺伝子転写を制御する能力を制限するような下流の影響を及ぼす可能性がある。
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