Os inibidores químicos da UGT2B5 podem exercer os seus efeitos inibitórios através de vários mecanismos, principalmente através da ligação competitiva ao local ativo da enzima. O magnésio, um cofator essencial para a atividade enzimática da UGT2B5, pode inibir a proteína quando presente em níveis insuficientes, uma vez que a enzima necessita de quantidades adequadas de magnésio para funcionar. Sem magnésio suficiente, a atividade da enzima é reduzida, levando a uma inibição da sua função. Os flavonóides, como a hesperetina, a quercetina, a naringenina e o kaempferol, actuam como inibidores directos competindo com os substratos naturais pelo local ativo da UGT2B5. Ao ligarem-se ao local ativo, estes compostos bloqueiam eficazmente o acesso dos substratos que devem ser submetidos a glucuronidação, um processo vital para o metabolismo e a eliminação de vários compostos endógenos e exógenos.
Outros flavonóides, incluindo a miricetina, a baicaleína, a genisteína, a biochanina A, a apigenina, a luteolina e a crisina, inibem de forma semelhante a UGT2B5, ocupando o seu sítio ativo. A afinidade estrutural destes inibidores com o sítio ativo da UGT2B5 permite-lhes ligar-se competitivamente, impedindo assim a enzima de catalisar a conjugação do ácido glucurónico com substratos lipofílicos. Esta ligação não só obstrui a reação de glucuronidação que a UGT2B5 facilita, como também garante que a enzima não consegue interagir com os substratos pretendidos. A diversidade destas estruturas químicas, mas a sua capacidade comum de inibir a UGT2B5, realça a especificidade do local ativo da enzima e a sua suscetibilidade à inibição por moléculas que podem imitar a forma e as propriedades químicas dos seus substratos naturais.
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