MSL3L2の化学的阻害剤は、主にMSL3L2が相互作用したり修飾したりするヒストン修飾を変化させることによって、このタンパク質の活性を阻害する様々なメカニズムを提供する。トリコスタチンAとM344は、ヒストンアセチル化レベルを上昇させるヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤である。MSL3L2はヒストンとの結合や修飾に特定のアセチル化パターンに依存している可能性があるため、アセチル化の上昇はMSL3L2とクロマチンとの効果的な相互作用を妨げる可能性がある。シネフンギンは、MSL3L2が関与していると考えられるヒストンのメチル化に重要なS-アデノシルメチオニン依存性メチルトランスフェラーゼを標的とする。メチル化を阻害することにより、シネフンギンはMSL3L2のメチル化依存的機能を阻害する。Chaetocinはヒストンメチル化酵素SUV39H1を特異的に阻害し、MSL3L2とクロマチンとの相互作用に重要なメチル化の状況を変化させる可能性がある。
BIX-01294やA-366のような他の阻害剤は、ヒストンメチル基転移酵素G9aを選択的に標的とすることから、特定のヒストン部位でのメチル化が阻害されることで、MSL3L2のクロマチンリモデリング活性が阻害される可能性が示唆される。同様に、UNC1999、GSK343、およびEPZ-6438はEZH2を阻害し、UNC1999はEZH1も標的とする。これらはMSL3L2がおそらく相互作用するヒストン部位をメチル化する酵素である。これらの酵素の阻害は、クロマチン状態を変化させ、MSL3L2の機能的能力を変化させる可能性がある。I-CBP112とJQ1は、それぞれCREBBP/EP300ブロモドメインとBETブロモドメインを阻害することにより、アセチル化リジン残基の認識を阻害する。この阻害は、MSL3L2がヒストン上のアセチル化マークを読み取る能力を阻害する可能性があり、これはクロマチンリモデリングにおけるMSL3L2の役割にとって重要である。最後に、CPI-455はKDM5脱メチル化酵素の阻害剤として、ヒストンの高メチル化状態を維持し、MSL3L2が促進する可能性のある脱メチル化活性を妨害し、その正常な機能を妨げる可能性がある。
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